Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 290,012 | C→T | 100% | D167N (GAT→AAT) | yagM ← | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 290,012 | 0 | C | T | 99.8% | 1288.7 / ‑4.9 | 389 | D167N (GAT→AAT) | yagM | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (203/185); total (203/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
TTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAAC > CP009273/289865‑290158 | ttGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCCAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGt < 2:3802912/150‑1 (MQ=255) ttGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGt < 1:1320199/150‑1 (MQ=255) aaGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAAttt < 1:4432515/150‑1 (MQ=255) aaGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTAAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAAAATCATGATACACTTTGATGCTTTACATAAAAATGTATTTGATTGTAAATGTAAATGGATTATTCCATATTTTAAttt > 2:1668839/1‑150 (MQ=255) agCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAg < 1:4671735/150‑1 (MQ=255) ccTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCg < 1:2868917/150‑1 (MQ=255) cccGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATCAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGa < 2:2636319/150‑1 (MQ=255) cccGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGa < 2:1980118/150‑1 (MQ=255) aTCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCt > 2:4869101/1‑150 (MQ=255) tCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAGGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTGTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCtt > 2:3853612/1‑150 (MQ=255) aaaGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTc > 2:5076066/1‑150 (MQ=255) aaaGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTc > 2:5297815/1‑150 (MQ=255) aaGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCa > 2:5230661/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |