| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,646,984 | G→T | 100% | pseudogene (394/483 nt) | yhiS → | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,646,984 | 0 | G | T | 98.5% | 1302.7 / 5.9 | 406 | pseudogene (394/483 nt) | yhiS | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base T (161/238); total (165/241) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 406 total aligned reads displayed.
TTAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTAA > CP009273/3646838‑3647130 | tAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaaa < 2:5237183/150‑1 (MQ=255) tAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaaa < 2:4568016/150‑1 (MQ=255) aaGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAg < 1:4133004/150‑1 (MQ=255) aGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGa > 1:152560/1‑150 (MQ=255) gCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGat < 2:1557123/150‑1 (MQ=255) gCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGat < 2:1987230/150‑1 (MQ=255) ccTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGata < 1:261599/150‑1 (MQ=255) cTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGatat < 2:76162/150‑1 (MQ=255) cTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGatat > 1:2626696/1‑150 (MQ=255) cTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGatat < 2:2871635/150‑1 (MQ=255) ctctCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATggg > 2:4660640/1‑150 (MQ=255) ctctCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATggg < 1:586536/150‑1 (MQ=255) tcCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTg < 1:1695378/150‑1 (MQ=255) tcCCGATACAAAAAAATACAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATATAAAGAGGCCACTGCCTAAATAAAAAGATATAAATAATGGtgtg > 1:5102470/1‑150 (MQ=255) gATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaa > 2:4348256/1‑150 (MQ=255) aTACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaat < 1:4812593/150‑1 (MQ=255) aCAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatag < 2:4720460/150‑1 (MQ=255) aCAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatag < 2:531158/150‑1 (MQ=255) tAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaaat < 2:1246496/150‑1 (MQ=255) aaaTTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATAc < 2:1444617/150‑1 (MQ=255) tCATACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTCTGGGGTGGAAATAGAAATACCATc < 1:3234251/150‑1 (MQ=255) tCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATc > 2:1131559/1‑150 (MQ=255) cAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCt < 1:2494508/150‑1 (MQ=255) aaaCATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTg < 2:1053134/150‑1 (MQ=255) aaaCATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTAGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTg < 2:1800392/150‑1 (MQ=255) aaCATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTAAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTgg > 1:5199333/1‑150 (MQ=255) aTGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTaa < 2:3063990/150‑1 (MQ=255) tGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTaaa > 1:1262512/1‑150 (MQ=255) ggCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAg < 2:3604324/150‑1 (MQ=255) ggCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAg < 2:2899208/150‑1 (MQ=255) aGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAAAGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAAt > 2:2748096/1‑150 (MQ=255) aaaTGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTc > 1:3379260/1‑150 (MQ=255) aaaTGTCTGAATATCAATTAGAAGTATTTCAATACGAGACGATTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTc < 1:530727/150‑1 (MQ=255) gTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCtt < 2:1924030/150‑1 (MQ=255) cagAATATCAATTCGAAGTATTACAATACGAGACGCTTACCCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTAAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTAt < 1:1589962/148‑1 (MQ=255) atatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaaa > 1:1365695/1‑150 (MQ=255) atatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaaa > 2:501994/1‑150 (MQ=255) cAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCAt > 2:2644721/1‑150 (MQ=255) aaTTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCAtt > 2:2070974/1‑150 (MQ=255) aTTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTa > 2:3400031/1‑150 (MQ=255) aTTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTa < 1:2316521/150‑1 (MQ=255) aTTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTa < 1:1010224/150‑1 (MQ=255) aTTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTa > 1:879066/1‑150 (MQ=255) cGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCa > 2:2786793/1‑150 (MQ=255) gAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAg < 1:1826384/150‑1 (MQ=255) aaGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGa < 2:2579833/150‑1 (MQ=255) aTTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAatat > 2:1327727/1‑150 (MQ=255) tttCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAAtata > 2:4554715/1‑150 (MQ=255) ttCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATataa > 1:516873/1‑150 (MQ=255) tCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATataat < 2:1649906/150‑1 (MQ=255) aaTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAc > 2:511365/1‑150 (MQ=255) aaTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAc < 1:228929/150‑1 (MQ=255) tttcGAGACGCTTAACACAAAAAAAATGTCACACACTCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAcc < 2:252685/147‑1 (MQ=255) aTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAcc > 2:2428972/1‑150 (MQ=255) tACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCa < 2:3284513/150‑1 (MQ=255) aCGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCat < 1:2159217/150‑1 (MQ=255) cGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCata < 2:3167507/150‑1 (MQ=255) agaCGCTTAACCCCAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCataat < 1:30095/150‑1 (MQ=255) aCGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAatat < 1:458066/150‑1 (MQ=255) cGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATAtt > 1:2198634/1‑150 (MQ=255) cGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATAtt < 2:3808996/150‑1 (MQ=255) gCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTg < 2:3709520/150‑1 (MQ=255) cTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGa > 2:5185205/1‑150 (MQ=255) ttAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGat > 2:463773/1‑150 (MQ=255) ttAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGat < 2:2120498/150‑1 (MQ=255) ttAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGat < 1:5013720/150‑1 (MQ=255) tAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGatt > 1:3850624/1‑150 (MQ=255) aaCCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGatta < 2:2992540/150‑1 (MQ=255) aCCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGattat < 2:365293/150‑1 (MQ=255) cccAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGattatt < 2:1478330/150‑1 (MQ=255) cccAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGAAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGattatt < 1:92369/150‑1 (MQ=255) ccAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGAttatta < 1:617513/150‑1 (MQ=255) aaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACt < 1:4741682/150‑1 (MQ=255) tGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTtata < 1:3511996/150‑1 (MQ=255) cacacaCGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATc > 1:2692662/1‑150 (MQ=255) acacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt < 2:321353/150‑1 (MQ=255) cacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg < 2:4808703/150‑1 (MQ=255) ccTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATa < 1:4538837/150‑1 (MQ=255) aTTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATaaaaa > 1:1427529/1‑150 (MQ=255) aTTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGAAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATAACCATAATATAAAACCAAAATATTGATTATTAGCACTTAATAATCAATGAATaaaaa > 1:4262071/1‑150 (MQ=255) tAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAg < 1:2920930/150‑1 (MQ=255) tAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAg < 1:3174741/150‑1 (MQ=255) aaGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAt > 1:4651496/1‑150 (MQ=255) aaGAGGACACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAt < 2:1700446/150‑1 (MQ=255) agagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtt < 1:1192080/150‑1 (MQ=255) agagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtt > 1:4949715/1‑150 (MQ=255) agagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAtt < 2:4092051/150‑1 (MQ=255) gagGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGAttt < 1:367380/150‑1 (MQ=255) ggCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTa > 1:732164/1‑150 (MQ=255) gCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTAt < 2:493336/150‑1 (MQ=255) ccACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATg > 2:2209130/1‑150 (MQ=255) cACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGt < 2:1761128/150‑1 (MQ=255) cACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGt < 1:4348256/150‑1 (MQ=255) cTGCCTAATTACAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTAc > 1:2753532/1‑150 (MQ=255) tGCCTAATTACAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATATAAATAGATTTTATGTACt < 2:592527/150‑1 (MQ=255) tGCCTAATTAAAAAGATATAACTTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACt < 1:1976098/150‑1 (MQ=255) ccTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACttt < 1:2412772/150‑1 (MQ=255) cTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACtttt < 1:1913910/150‑1 (MQ=255) cTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACtttt > 1:404952/1‑150 (MQ=255) aaTTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTaa > 1:3957597/1‑150 (MQ=255) | TTAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTAA > CP009273/3646838‑3647130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |