Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 3,661,610 | A→T | 100% | F313L (TTT→TTA) | yhjA ← | putative cytochrome C peroxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,661,610 | 0 | A | T | 98.1% | 967.0 / 3.5 | 295 | F313L (TTT→TTA) | yhjA | putative cytochrome C peroxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/2); new base T (146/143); total (150/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
CCGCCGAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCAAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCAACGG > CP009273/3661464‑3661756 | ccgccgAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAAt < 2:525769/150‑1 (MQ=255) cgccgAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAAtt < 2:3826949/150‑1 (MQ=255) cgccgAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAAtt < 2:2617853/150‑1 (MQ=255) agaATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCa < 1:5131344/150‑1 (MQ=255) aataatACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAAt > 2:1266427/1‑150 (MQ=255) ataataCCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATg > 1:365796/1‑150 (MQ=255) aataCCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGc > 2:462625/1‑150 (MQ=255) ccaccaTGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCa > 1:2055391/1‑150 (MQ=255) caccaTGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAg < 1:2795974/150‑1 (MQ=255) caTGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTaa < 1:3942809/150‑1 (MQ=255) tGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAata < 1:2960652/150‑1 (MQ=255) gACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAatat < 2:4864545/150‑1 (MQ=255) aCAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCAAATTCAGCAATGGCATCAGTAATAtt < 1:1294312/150‑1 (MQ=255) cAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATAttt > 1:4819964/1‑150 (MQ=255) aaGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATAtttt > 1:3994821/1‑150 (MQ=255) aGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTc < 1:3353081/150‑1 (MQ=255) gCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCa > 1:1645287/1‑150 (MQ=255) cacaTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCAc > 1:2385584/1‑150 (MQ=255) cacaTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCAc < 1:2280410/150‑1 (MQ=255) acaTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACt < 2:4679399/150‑1 (MQ=255) caTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTg < 2:2033761/150‑1 (MQ=255) caTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTg > 2:4985656/1‑150 (MQ=255) aTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCTCCACTGa > 1:1579505/1‑150 (MQ=255) aTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGa > 2:1883022/1‑150 (MQ=255) tttATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGaa < 2:1678602/150‑1 (MQ=255) tttATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGaa > 1:4100098/1‑150 (MQ=255) tattatCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAAc < 1:3387122/150‑1 (MQ=255) tattatCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAAc > 1:49555/1‑150 (MQ=255) attatCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAAcc > 1:3006332/1‑150 (MQ=255) cTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCg < 1:4618295/150‑1 (MQ=255) ttAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGa < 2:5016875/150‑1 (MQ=255) tAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGAt < 1:2187621/150‑1 (MQ=255) aaaTAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATa > 2:4566517/1‑150 (MQ=255) aataatTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAg < 2:1930523/150‑1 (MQ=255) taatTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCCAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGAc > 1:2492238/1‑150 (MQ=255) aatTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACt < 1:2538157/150‑1 (MQ=255) atTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACtt > 2:5198130/1‑150 (MQ=255) ttGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTc < 1:4216958/150‑1 (MQ=255) aTAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAg > 2:2954994/1‑150 (MQ=255) aTAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAg < 1:3344639/150‑1 (MQ=255) tAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAgg > 1:945798/1‑150 (MQ=255) aGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGa > 2:2762624/1‑150 (MQ=255) aGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGa > 2:4184796/1‑150 (MQ=255) 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ttttttCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTg > 1:5088689/1‑150 (MQ=255) cTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGtttt > 2:1496351/1‑150 (MQ=255) tGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATCGACTTCGAGGAACTGCGTTTTa > 2:3155542/1‑150 (MQ=255) gcgcCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCt > 1:4297601/1‑150 (MQ=255) cgcCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTg < 2:4725175/150‑1 (MQ=255) 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taattaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCaa > 2:2173170/1‑150 (MQ=255) aattaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAAt > 1:2067725/1‑150 (MQ=255) aattaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAAt > 1:1902194/1‑150 (MQ=255) taatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGACCTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAAACgg > 2:374337/1‑150 (MQ=255) taatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCgg > 2:1579017/1‑150 (MQ=255) 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tctcTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCAAcg < 2:2370732/150‑1 (MQ=255) tctcTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCAAcg < 1:3887830/150‑1 (MQ=255) | CCGCCGAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCAAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCAACGG > CP009273/3661464‑3661756 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |