| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 299,522 | G→T | 7.9% | intergenic (+206/+42) | yagU → / ← ykgJ | DUF1440 family inner membrane protein/UPF0153 cysteine cluster protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 299,522 | 0 | G | T | 7.9% | 1254.0 / 46.4 | 352 | intergenic (+206/+42) | yagU/ykgJ | DUF1440 family inner membrane protein/UPF0153 cysteine cluster protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (161/162); new base T (15/14); total (176/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
GCTTTTTATATTCTGATGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCGTTCTCACCAGACATGGCGAATTCTCTGCATGTGGACGATCGATTTTT > CP009273/299375‑299671 | gCTTTTTATATTCTGATGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCt > 2:2997709/1‑150 (MQ=255) tataGTCTGATGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATc < 1:2981254/150‑1 (MQ=255) atTCTGATGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGTGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCTCTATTTTCGCt < 2:2448540/150‑1 (MQ=255) ttCTGATGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTg < 1:2081236/150‑1 (MQ=255) cTGATGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGc < 2:787960/150‑1 (MQ=255) cTGATGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGc > 1:4870804/1‑150 (MQ=255) tGATGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCg < 1:3089107/150‑1 (MQ=255) aTGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCggg > 2:1567776/1‑150 (MQ=255) aTGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCACTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGAggg > 2:4736628/1‑150 (MQ=255) tGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCTCTATTATCGCTGGCgggg < 2:2833525/150‑1 (MQ=255) tGCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCgggg < 2:1920370/150‑1 (MQ=255) gCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGc > 1:2428127/1‑150 (MQ=255) gCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGc > 2:1202059/1‑150 (MQ=255) gCAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGc > 1:1377937/1‑150 (MQ=255) cAGATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCa > 2:2003673/1‑150 (MQ=255) gATAGTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGACGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTGTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTCTCGCTGGCGGGGCAGt > 2:3195800/1‑150 (MQ=255) gTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCGGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAAGAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCac > 2:3472356/1‑149 (MQ=255) gTCAGTGAGTATATCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCaa > 1:4764659/1‑150 (MQ=255) 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tataTCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAattatt < 2:4441377/150‑1 (MQ=255) atatCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGATACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTg < 1:2662589/150‑1 (MQ=255) atCGCGCTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTa < 1:1925736/150‑1 (MQ=255) gcTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGttt < 1:3231099/150‑1 (MQ=255) cTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAATCGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTta > 2:3840513/1‑150 (MQ=255) cTACTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTta < 2:3573257/150‑1 (MQ=255) cTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATaa < 2:84060/150‑1 (MQ=255) cTTCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGATGGCGGGGCAGTGCAATAAATTATTGTATGTTTATaa > 1:3494229/1‑150 (MQ=255) tCAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACg < 1:3566642/150‑1 (MQ=255) cAGGATGATGTAGATCCGAAGAACGCTACAGAAGAGAGGCATTGTTGCTGGCAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTAGTGTATGTTTATAACgg > 2:375119/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |