| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,738,431 | C→A | 100% | P90T (CCA→ACA) | yiaN → | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,738,431 | 0 | C | A | 99.7% | 956.1 / ‑4.4 | 291 | P90T (CCA→ACA) | yiaN | 2,3‑diketo‑L‑gulonate TRAP transporter large permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (164/125); total (164/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
CAGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAACCAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTATGGCGAGCCTTTCTGGTTCTGCCGTTGCGGATACCGCCGCCGTTGCCGCTCTACTGGTGCCGATGATGCGCAGCGCCAACTATCCGGTCAACCGGGCGGCGGGG > CP009273/3738284‑3738577 | aGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAg < 2:831637/150‑1 (MQ=255) aGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAg < 2:4831183/150‑1 (MQ=255) aGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAg > 1:5314879/1‑150 (MQ=255) aGATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCGTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCCTTGTTGACCTGCCGCTGACACTGGGGGGGCCTAAAACAg > 1:113106/1‑150 (MQ=255) gATCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAgg > 2:4321511/1‑150 (MQ=255) aTCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGc < 1:3329181/150‑1 (MQ=255) aTCATGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGc < 1:4320201/150‑1 (MQ=255) tGGCACAAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCgggc > 1:1544264/1‑150 (MQ=255) cacaAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGTAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCgggctgg > 1:5142323/1‑150 (MQ=255) cacaAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCgggctgg < 1:4660283/150‑1 (MQ=255) caAACGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGGTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAAAGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAAAAGGCgggcggggc > 1:4965473/1‑150 (MQ=255) aaaCGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCgggctgggct > 1:3178285/1‑150 (MQ=255) aaaCGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCgggctgggct > 1:1034244/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTa > 2:5006002/1‑150 (MQ=255) cTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGCGTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTc < 1:2925541/150‑1 (MQ=255) cTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTc < 2:3310581/150‑1 (MQ=255) cTGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTc < 1:3620233/150‑1 (MQ=255) tGGTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCg < 2:5059106/150‑1 (MQ=255) gTGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGc > 2:2731686/1‑150 (MQ=255) tGAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCg < 1:1613208/150‑1 (MQ=255) gAACGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGt > 2:2638163/1‑150 (MQ=255) cGGAGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCt < 1:2022560/150‑1 (MQ=255) aGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGc > 1:2198338/1‑150 (MQ=255) aGCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGc < 2:1650022/150‑1 (MQ=255) gCCGATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCa < 2:1342606/150‑1 (MQ=255) gATAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCt > 2:3611022/1‑150 (MQ=255) tAGCTTCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTAt < 1:4550596/150‑1 (MQ=255) ttCTCCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGAtt > 1:2677840/1‑150 (MQ=255) ctcCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTTTGCTGGCGGGTGAAATCATGAAAGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCAAAAAACAGGCGGGCTGGGCTAAGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAt > 2:4569070/1‑150 (MQ=255) ctcCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGTGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAt < 2:1920667/150‑1 (MQ=255) ctcCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAt > 2:1489332/1‑150 (MQ=255) ctcCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAt > 1:3061423/1‑150 (MQ=255) ctcCCTGCTGGCGATTCCGTTCTTTGTGCTGGCGGGTGAAATCATGAATGCGGGCGGCTTGTCAAAACGCATTGTTGACCTGCCGATGAAACTGGTGGGGCATAAAACAGGCGGGCTGGGCTACGTCGGCGTGCTGGCAGCTATGATTAt > 1:719104/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |