| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,832,140 | C→A | 12.2% | T178K (ACG→AAG) | yicL → | EamA family inner membrane putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,832,140 | 0 | C | A | 12.2% | 1085.8 / 74.1 | 331 | T178K (ACG→AAG) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (128/162); new base A (17/24); total (145/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
GTTTTCTGCGCTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATT > CP009273/3831992‑3832288 | gTTTTCTGCGCTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACg < 1:881685/150‑1 (MQ=255) tttCTGCGCTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAAAGCt < 2:5282072/150‑1 (MQ=255) tCTGCGCTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTaa > 2:260831/1‑150 (MQ=255) tGCGCTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAAtt < 2:5056165/150‑1 (MQ=255) tGCGCTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAAAGCTAAtt < 2:682348/150‑1 (MQ=255) tGCGCTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCAGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAAAGCTAAtt < 1:1120988/150‑1 (MQ=255) gcgcTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTg < 1:4536096/150‑1 (MQ=255) gcTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCAGTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGcc > 2:4584072/1‑150 (MQ=255) tATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCg < 1:1004369/150‑1 (MQ=255) aTTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGc > 2:5103125/1‑150 (MQ=255) ttttGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCt > 2:2582780/1‑150 (MQ=255) tttGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTa < 2:3598721/150‑1 (MQ=255) cATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCa < 1:1257043/150‑1 (MQ=255) cATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCa > 2:953964/1‑150 (MQ=255) gCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGtt < 1:1967071/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGtt < 1:2085314/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTa < 1:2952150/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAAAGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTa < 2:1463501/150‑1 (MQ=255) ggTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTAcc < 1:2184478/150‑1 (MQ=255) ggTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTAcc > 1:1752358/1‑150 (MQ=255) tCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAg > 1:132803/1‑150 (MQ=255) cGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAgt > 2:4686953/1‑150 (MQ=255) cGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAgt > 1:697769/1‑150 (MQ=255) ggtaCTTTTTTATTTGTGACACACGGTAATCAGACGTCATTATCTATATCTAATGACGCGTTGTTCTGTGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTTCATTCTATACCACCTATCCATCAACGCTAATTGCCCTCTATGGAACGTTACCAttc > 2:4514550/4‑150 (MQ=255) gggACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAgtc > 2:1856725/1‑150 (MQ=255) tgACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAgtcg > 2:4999365/2‑150 (MQ=255) ggACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAgtcg > 1:5058186/1‑150 (MQ=255) gACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAgtcgt > 2:696153/1‑150 (MQ=255) aCTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAgtcgtc < 1:3721636/150‑1 (MQ=255) cTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGtcgtcg > 2:2357515/1‑150 (MQ=255) cTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGtcgtcg < 2:153832/150‑1 (MQ=255) ttttttATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCgg > 2:2770140/1‑150 (MQ=255) tttttATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGc < 2:2689418/150‑1 (MQ=255) tttttATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGc < 1:1655445/150‑1 (MQ=255) tttATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTg < 1:187485/150‑1 (MQ=255) tttATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTg > 2:1126842/1‑150 (MQ=255) tttATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTg < 2:5221100/150‑1 (MQ=255) ttATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTgg > 1:2349806/1‑150 (MQ=255) 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tCTATACCACCTATCCCTCAAAGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGt < 1:3409841/150‑1 (MQ=255) cTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGtt < 1:260814/150‑1 (MQ=255) accTATCCCTCAAAGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTAt < 2:4306194/150‑1 (MQ=255) tATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTtg < 2:578126/150‑1 (MQ=255) tCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTtggt < 2:3135134/150‑1 (MQ=255) 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aaCGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCAt > 1:4451336/1‑150 (MQ=255) aCGCTAATGGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCAtt < 2:3047038/150‑1 (MQ=255) | GTTTTCTGCGCTATTTTGACATCGCTGGTCGGGACTTTTTTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATT > CP009273/3831992‑3832288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |