| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,837,532 | C→A | 68.0% | P70Q (CCG→CAG) | ade → | cryptic adenine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,837,532 | 0 | C | A | 68.0% | 343.1 / inf | 368 | P70Q (CCG→CAG) | ade | cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/57); new base A (109/141); total (170/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
GTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACC > CP009273/3837383‑3837678 | gTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTcc < 1:2790417/150‑1 (MQ=255) gCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCTGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCt < 2:1875595/150‑1 (MQ=255) gCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCt < 2:4107406/150‑1 (MQ=255) ccGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCtt < 2:1715426/150‑1 (MQ=255) cGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCttt < 1:1096702/150‑1 (MQ=255) gtgtCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTg < 2:1029566/147‑1 (MQ=255) gTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTg > 2:2324917/1‑150 (MQ=255) gTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTg > 1:3570446/1‑150 (MQ=255) 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gcAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTgacg < 2:5001873/150‑1 (MQ=255) cAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTgacga > 2:1436455/1‑150 (MQ=255) cAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCAGATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACGTATGAATCCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTgacga > 2:3534398/1‑150 (MQ=255) aGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTgacgac > 1:1055277/1‑150 (MQ=255) gAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGAcc > 2:4964050/1‑150 (MQ=255) gAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGAcc < 1:2430879/150‑1 (MQ=255) gAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGAcc > 2:3165885/1‑150 (MQ=255) acacTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTa > 1:2807556/1‑150 (MQ=255) cacTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTAt < 1:2906048/150‑1 (MQ=255) acTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTAtt > 1:1165954/1‑150 (MQ=255) cTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTAttt < 2:5150084/150‑1 (MQ=255) gATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGc > 1:757069/1‑150 (MQ=255) | GTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACC > CP009273/3837383‑3837678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |