| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,875,148 | C→A | 29.4% | A178A (GCG→GCT) | dnaN ← | DNA polymerase III, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,875,148 | 0 | C | A | 29.4% | 558.6 / 206.2 | 289 | A178A (GCG→GCT) | dnaN | DNA polymerase III, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/100); new base A (33/52); total (137/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
CCAACGTGGGCGCGAATGTTGTTGCTGCCAATCTGTACGCGCAGCGGATTGTCGCCGCCGTCGAGCATACGCATCAGTTCAATCACGCCTTTACGCGGTACGATCACCGAATGGCTTGGCAAAGATTGACCAATTGGCATTGAACAGACCGCCAGACGGTGGCCGTCGGTTGCCACGGTGCGCAGTTCTTCACCTTCGGTTTCAAACAGCATACCATTTAAGTAATAGCGAACGTCCTGATGCGCCATAGAAAACTGGGTCGCTTCAATCAGACGCTTCATCGTTGCCTGCGGCAGGGT > CP009273/3874999‑3875297 | aaCGTGGGCGCGAATGTTGTTGCTGCCAATCTGTACGCGCAGCGGATTGTCGCCGCCGTCGAGCATACGCATCAGTTCAATCACGCCTTTACGCGGTACGATCACCGAATGGCTTGGCAAAGATTGACCAATTGGCATTGAACAGACCGc < 1:3087978/150‑1 (MQ=255) aaCGTGGGCGCGAATGTTGTTGCTGCCAATCTGTACGCGCAGCGGATTGTCGCCGCCGTCGAGCATACGCATCAGTTCAATCACGCCTTTACGCGGTACGATCACCGAATGGCTTGGCAAAGATTGACCAATTGGCATTGAACAGACCGc < 1:4390995/150‑1 (MQ=255) gTGGGCGCGAATGTTGTTGCTGCCAATCTGTACGCGCAGCGGATTGTCGCCGCCGTCGAGCATACGCATCAGTTCAATCACGCCTTTACGCGGTACGATCACCGAATGGCTTGGCAAAGATTGACCAATTGGCATTGAACAGACCGCCAg > 2:721123/1‑150 (MQ=255) 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ttgttgCTGCCAATCTGTACGCGCAGCGGATTGTCGCCGCCGTCGAGCATACGCATCAGTTCAATCACGCCTTTACGCGGTACGATCACCGAATGGCTTGGCAAAGATTGACCAATTGGCATTGAACAGACCGCCAGACGGTGGCCGTCg > 1:4453520/1‑150 (MQ=255) gttgCTGCCAATCTGTACGCGCAGCGGATTGTCGCCGCCGTCGAGCATACGCATCAGTTCAATCACGCCTTTACGCGGTACGATCACCGAATGGCTTGGCAAAGATTGACCAATTGGCATTGAACAGACCGCCAGACGGTGGCCGTCGGt > 1:3007325/1‑150 (MQ=255) gttgCTGCCAATCTGTACGCGCAGCGGATTGTCGCCGCCGTCGAGCATACGCATCAGTTCAATCACGCCTTTACGCGGTACGATCACCGAATGGCTTGGCAAAGATTGACCAATTGGCATTGAACAGACCGCCAGACGGTGGCCGTCGGt > 2:804058/1‑150 (MQ=255) ttgCTGCCAATCTGTACGCGCAGCGGATTGTCGCCGCCGTCGAGCATACGCATCAGTTCAATCACGCCTTTACGCGGTACGATCACCGAATGGCTTGGCAAAGATTGACCAATTGGCATTGAACAGACAGCCAGACGGTGGCCGTCGGtt > 1:898113/1‑150 (MQ=255) ttgCTGCCAATCTGTACGCGCAGCGGATTGTCGCCGCCGTCGAGCATACGCATCAGTTCAATCACGCCTTTACGCGGTACGATCACCGAATGGCTTGGCAAAGATTGACCAATTGGCATTGAACAGACAGCCAGACGGTGGCCGTCGGtt < 1:5149072/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |