| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 317,203 | G→A | 100% | intergenic (+411/‑116) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 317,203 | 0 | G | A | 99.4% | 1114.9 / ‑2.9 | 340 | intergenic (+411/‑116) | rclR/ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (169/169); total (170/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
AGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATT > CP009273/317061‑317348 | aGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGggtg < 1:3000345/150‑1 (MQ=255) gATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAAGGTGGTa > 1:1177652/1‑150 (MQ=255) gATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAAGGTGGTa > 2:3910380/1‑150 (MQ=255) gATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGTGTGGTa > 1:4875410/1‑150 (MQ=255) gTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAAGGTGGTATGt < 2:2334918/150‑1 (MQ=255) tAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAAGGTGGTATGtt < 2:1955833/150‑1 (MQ=255) aGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGTTATGTTg > 1:2107335/1‑150 (MQ=255) gCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGc > 1:3782119/1‑150 (MQ=255) ccATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCTATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTTTCATACAAATAAAATGTGGTATGTTgat > 1:3849072/1‑148 (MQ=255) cATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTa > 2:215121/1‑150 (MQ=255) aTTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAg < 1:1725501/150‑1 (MQ=255) aTTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAg > 2:1436334/1‑150 (MQ=255) aTTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGAACGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAg > 2:1320797/1‑150 (MQ=255) tttttAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAAGGTGGTATGTTGCTAGc < 1:808292/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |