| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,926,831 | G→T | 100% | D41Y (GAT→TAT) | rbsD → | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,926,831 | 0 | G | T | 99.4% | 994.9 / ‑2.4 | 308 | D41Y (GAT→TAT) | rbsD | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (158/148); total (158/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
CGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGAG > CP009273/3926684‑3926977 | cGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATATGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTat < 1:5062803/150‑1 (MQ=255) aaaCGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTatat < 2:3903113/150‑1 (MQ=255) cGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGc < 2:1392211/150‑1 (MQ=255) gTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCa > 1:1634434/1‑150 (MQ=255) gCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAAc < 1:3532451/150‑1 (MQ=255) tGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAAccc < 1:4567222/150‑1 (MQ=255) gATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCa > 1:4580102/1‑150 (MQ=255) gATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATGGCATTAACCCa < 1:435921/150‑1 (MQ=255) 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cgTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCtt < 2:44745/150‑1 (MQ=255) gTATCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTg < 1:3917465/150‑1 (MQ=255) | CGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGAG > CP009273/3926684‑3926977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |