| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,968,414 | G→T | 5.0% | A196A (GCG→GCT) | wecD → | TDP‑fucosamine acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,968,414 | 0 | G | T | 5.0% | 1131.9 / 19.5 | 296 | A196A (GCG→GCT) | wecD | TDP‑fucosamine acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/167); new base T (11/4); total (125/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
GGCGATATTCGCGGCTATGTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAACACCGCCGCGCTTAAACGATACATACAAAGTGGTGCGAATGTAGAAAGCACCGCGTACTGGTTATACAGGTGATCACATGATTCCATTTAACGCACCGCCGGTGGTGGGAACCGAACTCGACTATATGCAGTCGG > CP009273/3968265‑3968563 | ggCGATATTCGCGGCTATGTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATAGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCg > 2:1503063/1‑150 (MQ=255) atTCGCGGCTATGTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCaa > 2:3374707/1‑150 (MQ=255) tCGCGGCTATGTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAAt < 2:4014717/150‑1 (MQ=255) 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tATGTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAac > 1:4180690/1‑150 (MQ=255) tATGTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAac > 2:2543607/1‑150 (MQ=255) aTGTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAaca > 2:809307/1‑150 (MQ=255) aTGTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAaca > 1:3535523/1‑150 (MQ=255) aTGTCTCTTTACGGGAACCCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAaca > 1:592912/1‑150 (MQ=255) gTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAACAcc > 1:3230196/1‑150 (MQ=255) gTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAACAcc < 1:555694/150‑1 (MQ=255) ctctTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAACAccgc > 2:3920251/1‑150 (MQ=255) tttACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAACACcgccgc < 2:3548366/150‑1 (MQ=255) ttACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAACACCGCcgcg < 2:1627971/150‑1 (MQ=255) 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tGGCGACCCAAATGGGCAACACCGCCGCGCTTAAACGATACATACAAAGTGGTGCGAATGTAGAAAGCACCGCGTACTGGTTATACAGGTGATCACATGATTCCATTTAACGCACCGCCGGTGGTGGGAACCGAACTCGACTATATGCAg > 2:2832611/1‑150 (MQ=255) cGACCCAAATGGGCAACACCGCCGCGCTTAAACGATACATACAAAGTGGTGCGAATGTAGAAAGCACCGCGTACTGGTTATACAGGTGATCACATGATTCCATTTAACGCACCGCCGGTGGTGGGAACCGAACTCGACTATATGCAGTCg < 2:3686496/150‑1 (MQ=255) | GGCGATATTCGCGGCTATGTCTCTTTACGGGAACTCAATGCGACAGATGCGCGAATTGGCCTGCTGGCTGGACGCGGTGCAGGTGCTGAGCTGATGCAAACGGCGCTAAACTGGGCGTATGCTCGCGGTAAAACAACTTTGCGGGTGGCGACCCAAATGGGCAACACCGCCGCGCTTAAACGATACATACAAAGTGGTGCGAATGTAGAAAGCACCGCGTACTGGTTATACAGGTGATCACATGATTCCATTTAACGCACCGCCGGTGGTGGGAACCGAACTCGACTATATGCAGTCGG > CP009273/3968265‑3968563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |