| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,972,296 | G→T | 100% | E112D (GAG→GAT) | wzyE → | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,972,296 | 0 | G | T | 97.7% | 858.3 / 7.5 | 278 | E112D (GAG→GAT) | wzyE | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/2); new base T (119/152); total (124/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
TGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGCTT > CP009273/3972149‑3972442 | gtCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAAt < 1:4208054/150‑1 (MQ=255) gccgccAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTAc < 1:1382435/150‑1 (MQ=255) gccgccAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTAc < 1:1750288/150‑1 (MQ=255) cgccAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGt < 2:623713/150‑1 (MQ=255) cAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTggg > 1:2952363/1‑150 (MQ=255) aGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGt > 1:2672441/1‑150 (MQ=255) aaTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGAt > 1:545445/1‑150 (MQ=255) aaTCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCATCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCAACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGAt > 1:3326273/1‑150 (MQ=255) tCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATcc < 2:1469848/150‑1 (MQ=255) tCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATcc > 2:3599080/1‑150 (MQ=255) tCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATcc < 1:818332/150‑1 (MQ=255) cTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCt < 2:2899877/150‑1 (MQ=255) cTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCt > 2:181552/1‑150 (MQ=255) gttgCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGAt < 1:5050333/150‑1 (MQ=255) gttgCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGAt > 1:2390721/1‑150 (MQ=255) gCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATggg < 1:1888914/150‑1 (MQ=255) cAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGt < 2:5013445/150‑1 (MQ=255) gCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATc < 1:3212274/150‑1 (MQ=255) cGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATcg < 1:3568743/150‑1 (MQ=255) tGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCgcgc > 1:1515259/1‑150 (MQ=255) tGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCgcgc > 1:3506621/1‑150 (MQ=255) tGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCgcgc > 2:1227290/1‑150 (MQ=255) gCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCt < 1:5129628/150‑1 (MQ=255) cTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTg > 1:1715273/1‑150 (MQ=255) cTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTg > 1:1945932/1‑150 (MQ=255) tttCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTgg > 2:5137230/1‑150 (MQ=255) ggCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTc < 1:3460698/150‑1 (MQ=255) ggCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTc > 1:3718607/1‑150 (MQ=255) ctgctTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAACCCCGCCTACGCACACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCgg < 1:3775380/150‑1 (MQ=255) ctgctTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATTCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCgg > 2:4745052/1‑150 (MQ=255) tgctTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGc < 2:819326/150‑1 (MQ=255) ttCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtc > 1:2150182/1‑150 (MQ=255) tCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtct < 2:1669766/150‑1 (MQ=255) tCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtct > 2:405298/1‑150 (MQ=255) tCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtct > 2:4652955/1‑150 (MQ=255) tACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCAtcttc < 2:1597378/150‑1 (MQ=255) cgcgGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATcttctt > 2:2565772/1‑150 (MQ=255) cgcgGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTAACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATcttctt > 2:5227026/1‑150 (MQ=255) cgGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCa < 1:1572330/150‑1 (MQ=255) ggTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCAt < 2:439019/150‑1 (MQ=255) ggTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGAGGATACCACTCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCAt > 1:1129873/1‑150 (MQ=255) gTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATg > 2:327862/1‑150 (MQ=255) gTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATg > 1:233947/1‑150 (MQ=255) gTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATg > 2:5238255/1‑150 (MQ=255) tttACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGc < 2:5307224/150‑1 (MQ=255) ttACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGca < 2:4517736/150‑1 (MQ=255) cTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATcttctt > 1:4807944/1‑141 (MQ=255) cTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATcttctt < 2:4807944/141‑1 (MQ=255) gTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGc > 1:1338455/1‑150 (MQ=255) cACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCtt > 1:3195998/1‑150 (MQ=255) aCCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttt < 2:2310617/150‑1 (MQ=255) aCCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttt < 2:3087221/150‑1 (MQ=255) aCCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttt > 2:3720343/1‑150 (MQ=255) ccTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCtttt > 2:488528/1‑150 (MQ=255) cTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttttt < 2:2354553/150‑1 (MQ=255) cTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCttttt > 1:1009742/1‑150 (MQ=255) aCAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTTGTAAGCGTCGGCATCTTATTCATGCACAACGGCTTTTTGc < 1:1282219/150‑1 (MQ=255) cAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCt < 1:4415071/150‑1 (MQ=255) 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gcgTGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAAc < 1:3038591/150‑1 (MQ=255) tGGATACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGct < 2:3800643/150‑1 (MQ=255) | TGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGCTT > CP009273/3972149‑3972442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |