Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,973,393 | C→A | 8.0% | A26A (GCC→GCA) | wecG → | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,973,393 | 0 | C | A | 8.0% | 1014.0 / 36.2 | 288 | A26A (GCC→GCA) | wecG | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (119/145); new base A (12/12); total (131/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
GCTTTTTGAAAGCGCCGGACTCATTCATAAACGTACAAAATCATCGCTCCGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGCCCTCGATTATCTGTTTGCTGACGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGTCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGT > CP009273/3973244‑3973542 | cTTTTTGAAAGCGCCGGACTCATTCATAAACGTACAAAATCATCGCTCCGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGccc > 1:849949/1‑150 (MQ=255) tttttGAAAGCGCCGGACTCATTCATAAACGTACAAAATCATCGCTCCGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGCCCt < 2:2711177/150‑1 (MQ=255) ttttGAAAGCGCCGGACTCATTCATAAACGTACAAAATCATCGCTCCGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGCCCTc < 2:117461/150‑1 (MQ=255) 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catcGCTCCGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGCCCTCGATTATCTGTTTGCTGACGGGCAGCTTAAGCAGGGAAc < 1:512975/150‑1 (MQ=255) catcGCTCCGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGCCCTCGATTATCTGTTTGCTGACGGGCAGCTTAAGCAGGGAAc < 2:4734565/150‑1 (MQ=255) atcGCTCCGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGCCCTCGATTATCTGTTTGCTGACGGGCAGCTTAAGCAGGGAACg > 1:4783406/1‑150 (MQ=255) tCCGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGCCCTCGATTATCTGTTTGCTGACGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGt < 1:4555618/150‑1 (MQ=255) cGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGCCCTCGATTATCTGTTTGCTGACGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTg < 2:1962479/150‑1 (MQ=255) 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ccTCGATTATCTGTTTGCTGACGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGTCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGt > 2:3267348/1‑150 (MQ=255) ccTCGATTATCTGTTTGCTGACGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGTCAGGGAGTGAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGt > 2:1869675/1‑150 (MQ=255) | GCTTTTTGAAAGCGCCGGACTCATTCATAAACGTACAAAATCATCGCTCCGGACGCAGGTTGAAGGATAACAATGAATAACAACACCACGGCACCAACCTATACGCTGCGTGGCTTACAGTTGATTGGTTGGCGTGATATGCAGCACGCCCTCGATTATCTGTTTGCTGACGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGTCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGT > CP009273/3973244‑3973542 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |