| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,993,534 | A→G | 27.8% | intergenic (+29/+118) | uvrD → / ← yigE | DNA‑dependent ATPase I and helicase II/DUF2233 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,993,534 | 0 | A | G | 27.8% | 596.1 / inf | 389 | intergenic (+29/+118) | uvrD/yigE | DNA‑dependent ATPase I and helicase II/DUF2233 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (142/137); new base G (62/46); total (205/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 396 total aligned reads displayed.
TGGTGAAGGCACCATTGTCAATATGGAAGGCAGCGGTGAGCATAGCCGTTTGCAGGTGGCATTTCAGGGCCAGGGTATTAAATGGCTGGTGGCGGCATACGCCCGGCTGGAGTCGGTGTAACGTTGCCGGATGCGGTGCTGCGCACCTTATTTGGCCTAAAAAATCATTCAGATTCAATAAATTGCAACGTCATGTAGGCCGGATAGGGCGTTTACGCCGCATCCGGCATCTGCGCCATCTTCAGTATCTGACACAAAACTATCGTTTTAACCTTTCCGCTCGACGGAAATCATGGTGA > CP009273/3993385‑3993683 | tGGTGAAGGCACCATTGTCAATATGGAAGGCAGCGGTGAGCATAGCCGTTTGCAGGTGGCATTTCAGGGCCAGGGTATTAAATGGCTGGTGGCGGCATACGCCCGGCTGGAGTCGGTGTAACGTTGCCGGATGCGGTGCTGCGCACCTTa < 1:2744892/150‑1 (MQ=255) ggTGAAGGCACCATTGTCAATATGGAAGGCAGCGGTGAGCATAGCCGTTTGCAGGTGGCATTTCAGGGCCAGTGTATTAAATGGCTGGTGGCGGCATACGCCCGGCTGGAGTCGGTGTAACGTTGCCGGATGCGGTGCTGCGCACCTTAt < 1:74347/150‑1 (MQ=255) ggTGAAGGCACCATTGTCAATATGGAAGGCAGCGGTGAGCATAGCCGTTTGCAGGTGGCATTTCAGGGCCAGGGTATTAAATGGCTGGTGGCGGCATACGCCCGGCTGGAGTCGGTGTAACGTTGCCGGATGCGGTGCTGCGCACCTTAt < 1:4422327/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |