| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,024,827 | G→T | 100% | D103Y (GAT→TAT) | pepQ → | proline dipeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,024,827 | 0 | G | T | 98.5% | 994.7 / 1.4 | 324 | D103Y (GAT→TAT) | pepQ | proline dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/1); new base T (149/167); total (156/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
CCGCAATTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAAGATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAGCAACATCAACCCGAAAGGGGTT > CP009273/4024680‑4024973 | ccGCAATTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAatat < 1:1740052/150‑1 (MQ=255) cGCAATTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATAtg < 1:3317347/150‑1 (MQ=255) cAATTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCATGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATAtgtg > 2:3389253/1‑150 (MQ=255) acttCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTgg < 2:1279761/148‑1 (MQ=255) aTTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGa < 2:2810662/150‑1 (MQ=255) aTTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGa > 2:3695695/1‑150 (MQ=255) aTTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGa < 2:4472953/150‑1 (MQ=255) aaaGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTg > 2:1950792/1‑150 (MQ=255) aaGAGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGAAAAACTGCTTGTTGCTTGTTGATGGCTTGAACAAGCCGAAAATGTTGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGa < 2:3076679/150‑1 (MQ=255) gCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATc < 1:2575545/150‑1 (MQ=255) gCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATc > 2:4582387/1‑150 (MQ=255) cGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATcg < 1:2042800/150‑1 (MQ=255) gTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATcgc > 2:1064611/1‑150 (MQ=255) gggTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCgcgc > 1:3271113/1‑150 (MQ=255) tAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAg > 2:3471057/1‑150 (MQ=255) tAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAg < 1:4699143/150‑1 (MQ=255) aCTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGcc < 1:812974/150‑1 (MQ=255) aCTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGcc < 1:711773/150‑1 (MQ=255) aCTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGcc < 2:5238100/150‑1 (MQ=255) aCTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGcc < 1:1060566/150‑1 (MQ=255) gTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGc < 2:4638888/150‑1 (MQ=255) ccAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCAtt < 1:4560310/150‑1 (MQ=255) ccAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCAtt < 1:3043650/150‑1 (MQ=255) cAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTg < 1:5309967/150‑1 (MQ=255) aaaCTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTgg < 1:5283975/150‑1 (MQ=255) aaaCTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTgg > 2:4855793/1‑150 (MQ=255) gctggttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcc < 2:2904659/150‑1 (MQ=255) gttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcctgct < 2:2289823/150‑1 (MQ=255) ttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcctgctg < 1:1180390/150‑1 (MQ=255) gctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcctgctgcc < 1:5191943/150‑1 (MQ=255) tggATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGcctgctgcctgctg > 1:436842/1‑150 (MQ=255) gATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTgcg < 2:5052016/150‑1 (MQ=255) tGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCa > 2:3300788/1‑150 (MQ=255) tGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACATCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCa > 2:4936005/1‑150 (MQ=255) gAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGACGAGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCaa > 2:460156/1‑150 (MQ=255) aaCAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAat < 2:3097084/150‑1 (MQ=255) aaCAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAat > 2:2789057/1‑150 (MQ=255) aaGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCACTATc > 1:2480268/1‑150 (MQ=255) aaGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATc < 2:1697506/150‑1 (MQ=255) aGCCGATACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCg < 1:4799668/150‑1 (MQ=255) aGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCg > 2:4181434/1‑150 (MQ=255) aGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCg > 2:4186537/1‑150 (MQ=255) gAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTta > 2:3677339/1‑150 (MQ=255) aaaCTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGGAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTtat > 1:1414331/1‑150 (MQ=255) aCTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTATGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTatat < 1:4835454/150‑1 (MQ=255) tgtgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACCACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCg < 2:4168873/150‑1 (MQ=255) tgtgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCg < 1:381331/150‑1 (MQ=255) tgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGt < 1:2145356/150‑1 (MQ=255) ggTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTc < 2:1004322/150‑1 (MQ=255) gTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTcc > 2:3147642/1‑150 (MQ=255) ttCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCg > 2:1825421/1‑150 (MQ=255) cTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGt > 2:892697/1‑150 (MQ=255) cTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGt < 2:1337524/150‑1 (MQ=255) 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aaCCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAgg > 1:3072659/1‑150 (MQ=255) cGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCa > 1:2337495/1‑150 (MQ=255) cGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCa > 1:3952235/1‑150 (MQ=255) cGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGGTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGccc > 2:2124505/1‑149 (MQ=255) gCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAg < 1:4272766/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |