Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,125,407 | C→A | 100% | H549N (CAT→AAT) | katG → | catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,125,407 | 0 | C | A | 99.7% | 947.4 / ‑4.4 | 291 | H549N (CAT→AAT) | katG | catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (122/168); total (122/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCGAC > CP009273/4125260‑4125553 | tGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAAt < 2:1863982/150‑1 (MQ=255) ggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGt < 2:4899248/150‑1 (MQ=255) gATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTa < 2:4951383/150‑1 (MQ=255) aTGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTAc < 2:2858202/150‑1 (MQ=255) aTGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTAc < 2:5259054/150‑1 (MQ=255) aTGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTAc < 1:1847090/150‑1 (MQ=255) gAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGTATAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGtt < 1:4021476/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGttt < 1:4231764/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGttt < 1:280476/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGttt < 2:4545046/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGttt < 1:5218801/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGttt < 1:3514143/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTg < 2:1505810/150‑1 (MQ=255) cgcAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGcc > 1:5276464/1‑150 (MQ=255) gcAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCg < 1:4063219/150‑1 (MQ=255) aGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCggg > 1:3829546/1‑150 (MQ=255) cGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTcg > 2:695899/1‑150 (MQ=255) ttCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTcgca < 2:838482/150‑2 (MQ=255) gTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTg > 2:5161490/1‑150 (MQ=255) ctctGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATg > 2:1037710/1‑150 (MQ=255) tGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATgcgc < 2:336791/150‑1 (MQ=255) cTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTc < 1:930604/150‑1 (MQ=255) cTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTc < 1:2219235/150‑1 (MQ=255) cTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTc < 2:4360738/150‑1 (MQ=255) tGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCa < 2:3864483/150‑1 (MQ=255) tGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCa < 2:4238024/150‑1 (MQ=255) tGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCa > 2:4535985/1‑150 (MQ=255) gTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAg > 1:3219868/1‑150 (MQ=255) tGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATc < 2:2752168/150‑1 (MQ=255) agaAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGa > 1:2518567/1‑150 (MQ=255) gaAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGAc < 2:2767514/150‑1 (MQ=255) gaAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGAc > 2:4401973/1‑150 (MQ=255) aaaaTCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACt < 1:3337666/150‑1 (MQ=255) 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gagTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATg < 1:3435363/150‑1 (MQ=255) agTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGt > 2:2673749/1‑150 (MQ=255) agTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGt > 2:767675/1‑150 (MQ=255) gTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGtt < 1:2311315/150‑1 (MQ=255) ggTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAg < 1:2053279/150‑1 (MQ=255) gTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAgc > 2:4182364/1‑150 (MQ=255) tAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAgct < 1:1341644/150‑1 (MQ=255) tAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAgct > 1:2476628/1‑150 (MQ=255) tAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGAGGTTTGAgct > 1:1962000/1‑150 (MQ=255) aaaGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAgctg < 2:1810660/150‑1 (MQ=255) 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ctggTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACt < 2:5276464/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTAt < 1:2622967/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTAt < 1:4521160/150‑1 (MQ=255) gtgtGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATc > 2:3043440/1‑150 (MQ=255) ggttggtGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCgcgc > 1:3143386/1‑150 (MQ=255) 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tGAGCATTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGa > 1:502456/1‑150 (MQ=255) aTTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCGAc > 1:1211967/1‑150 (MQ=255) | TGGGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCGAC > CP009273/4125260‑4125553 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |