| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,211,576 | G→T | 100% | S280R (AGC→AGA) | arpA ← | ankyrin repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,211,576 | 0 | G | T | 100.0% | 1198.2 / ‑6.7 | 358 | S280R (AGC→AGA) | arpA | ankyrin repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (180/177); minor base A (1/0); total (181/177) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
TTTTAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCGCTCATAATTCTTATTTTATCGTTAGTTACATTAGGATCATAAACCGAAACCACGTAATGGGTACATCCTTCAGTTGTGTTCTTTATTCTTAGCCGGACCGTCAAAGCATGGTTATCCACCAGTAATATGGCTGCCATAACACTGAT > CP009273/4211429‑4211722 | ttttAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTctct < 2:2415125/150‑1 (MQ=255) ttAACATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCa < 1:996880/150‑1 (MQ=255) aCATCAATAGCTGTTCTTTCGGAAGTGCTGGAATTATTGCAACAGATTGATTAATAACATGATCATTTGACCATTTCAGGAGGCTATAATCTACATTCATAAAATCCATCAGAGAATAGTGTTTAATATTCTCTTTGCTTTCTCTCATaa > 1:4506730/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |