| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,230,049 | G→T | 28.1% | intergenic (‑66/‑204) | yjbT ← / → psiE | putative periplasmic protein/phosphate starvation inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,230,049 | 0 | G | T | 28.1% | 807.3 / 268.5 | 400 | intergenic (‑66/‑204) | yjbT/psiE | putative periplasmic protein/phosphate starvation inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (177/110); new base T (68/45); total (245/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 404 total aligned reads displayed.
ATAAGCAGGAAGAACAGAGACTGATAACATCAAAGCAGCAAAATAAGGCTTCATTTTTACCACCTTTATCAGGTTACGTTTCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCATTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCT > CP009273/4229900‑4230198 | aGGAAGAACAGAGACTGATAACATCAAAGCAGCAAAATAAGGCTTCATTTTTACCACCTTTATCAGGTTACGTTTCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCATTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTTAttttt > 2:3314597/1‑150 (MQ=255) aGGAAGAACAGAGACTGATAACATCAAAGCAGCAAAATAAGGCTTCATTTTTACCACCTTTATCAGGTTACGTTTCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCATTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGAttttt > 2:2330706/1‑150 (MQ=255) aGGAAGAACAGAGACTGATAACATCAAAGCAGCAAAATAAGGCTTCATTTTTACCACCTTTATCAGGTTACGTTTCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCATTGCTGGTGGCGGGGAATCACCTGAATGGGTTAttttt > 1:1395259/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |