Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,358,390 | A→C | 100% | intergenic (‑246/‑91) | aspA ← / → fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,358,390 | 0 | A | C | 97.7% | 1342.7 / 5.5 | 346 | intergenic (‑246/‑91) | aspA/fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/0); new base C (160/177); total (169/177) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
CCGAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCA > CP009273/4358243‑4358534 | gAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACAAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACAttt > 2:4603916/1‑150 (MQ=255) aaTACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACAtttt > 1:1194136/1‑150 (MQ=255) aaTACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACAtttt < 1:570035/150‑1 (MQ=255) aaTACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACAtttt < 1:1594033/150‑1 (MQ=255) cccGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTa > 2:5175018/1‑150 (MQ=255) cccGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGATGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTa > 2:1084362/1‑150 (MQ=255) cGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCTCTTTTGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTTAAATTTTGCTAAt > 1:711478/1‑150 (MQ=255) cGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAAt < 1:3648422/150‑1 (MQ=255) cGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAAt < 1:2982297/150‑1 (MQ=255) cGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAAt > 1:5168037/1‑150 (MQ=255) gagaTCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATg < 1:2838290/150‑1 (MQ=255) agaTCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGa < 2:2218912/150‑1 (MQ=255) gaTCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGTAATTTTGCTAATGAc > 1:4765955/1‑150 (MQ=255) 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aaTCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAAcc > 1:4890196/1‑150 (MQ=255) gtataaCTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCATTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCAGTc < 1:2266194/145‑1 (MQ=255) ggATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTc < 2:2794887/150‑1 (MQ=255) gATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCa > 2:500443/1‑150 (MQ=255) tCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAgg < 1:5185356/150‑1 (MQ=255) 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ccccTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGgctgct > 1:4665320/1‑150 (MQ=255) cTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTAtt > 1:745259/1‑150 (MQ=255) cTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTAtt < 2:883958/150‑1 (MQ=255) attattAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAg > 2:5128008/1‑150 (MQ=255) attattAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTACCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAg > 2:2358314/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |