Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,380,610 | G→T | 12.2% | I239I (ATC→ATA) | rsgA ← | ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,380,610 | 0 | G | T | 12.2% | 1049.6 / 72.5 | 318 | I239I (ATC→ATA) | rsgA | ribosome small subunit‑dependent GTPase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/162); new base T (17/22); total (134/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
CGACAAAGCCCTGAGTGATTTGTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGATCTCTTTTTGCAGCCCCAGCAACGCATTCAGCAGGCTGGATTTGCCGACGCCAGACTGCCCGGCAAAAATGCTGATGCGCCCGGTCAACGCCTCTTCCAGCGGTTTTAGCCCATCCTGAGTATGGCTGGAAAC > CP009273/4380462‑4380759 | gACAAAGCCCTGAGTGATTTGTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAgagaa < 2:4566932/150‑2 (MQ=255) gACAAAGCCCTGAGTGATTTGTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGat < 1:3534449/150‑1 (MQ=255) gACAAAGCCCTGAGTGATTTGTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGat > 1:372768/1‑150 (MQ=255) 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gTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGATCTCtt > 1:1712551/1‑150 (MQ=255) ttCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGATCTCttt < 2:3140767/150‑1 (MQ=255) ttCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGATCTCttt > 1:3896825/1‑150 (MQ=255) tCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGATCTCtttt < 1:3922038/150‑1 (MQ=255) tCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGATCTCtttt > 2:4596593/1‑150 (MQ=255) 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agagATATCGTTGGTCAGGATCTCTTTTTGCAGCCCCAGCAACGCATTCAGCAGGCTGGATTTGCCGACGCCAGACTGCCCGGCAAAAATGCTGATGCGCCCGGTCAACGCCTCTTCCAGCGGTTTTAGCCCATCCTGAGTATGGCTGGa > 2:4651872/1‑150 (MQ=255) gagaTATCGTTGGTCAGGATCTCTTTTTGCAGCCCCAGCAACGCATTCAGCAGGCTGGATTTGCCGACGCCAGACTGCCCGGCAAAAATGCTGATGCGCCCGGTCAACGCCTCTTCCAGCGGTTTTAGCCCATCCTGAGTATGGCTGGaa > 1:2416535/1‑150 (MQ=255) | CGACAAAGCCCTGAGTGATTTGTTCCGGCTCCAGGTGCCAGAGGCCGAACTCACGCACTCCTGGGGAGTCAATCACATCACCGCCGTGCGGGAAGTGATACAGCCGAGCGGCGGTCGTGGTGTGCTGACCGAGCCCCGAGTTGTCAGAGATATCGTTGGTCAGGATCTCTTTTTGCAGCCCCAGCAACGCATTCAGCAGGCTGGATTTGCCGACGCCAGACTGCCCGGCAAAAATGCTGATGCGCCCGGTCAACGCCTCTTCCAGCGGTTTTAGCCCATCCTGAGTATGGCTGGAAAC > CP009273/4380462‑4380759 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |