Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,427,647 | G→A | 100% | D42N (GAT→AAT) | ytfI → | uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,427,647 | 0 | G | A | 99.0% | 987.4 / ‑0.8 | 311 | D42N (GAT→AAT) | ytfI | uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base A (147/160); total (151/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
AACCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCCTT > CP009273/4427500‑4427793 | aaCCATATAATATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGTATCAGACACAATAATTTTATTGTTGCGGTGGAGTTATTTGTATAGTCTTCGTATTCAAATACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGATAAAAAAt < 1:531877/150‑1 (MQ=255) aaCCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTCAGAAAAAAAAt < 1:2738314/150‑1 (MQ=255) aaCCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAAt < 1:3368650/150‑1 (MQ=255) ccAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTg < 1:505646/150‑1 (MQ=255) cAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTgg > 2:1281417/1‑150 (MQ=255) ataaaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGAtt < 1:1316172/150‑1 (MQ=255) aaataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCg < 2:2486108/150‑1 (MQ=255) ataaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAAAAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATATTTTTAACATCATCCATCATGCATATAAGAAAATAAATAGGATTTCGaa > 1:5138849/1‑150 (MQ=255) taaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAAt < 2:3499514/150‑1 (MQ=255) taaGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAAt < 1:166001/150‑1 (MQ=255) aGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTGTTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTa > 1:3701792/1‑150 (MQ=255) tGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGAt < 1:362463/150‑1 (MQ=255) tGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGAt < 2:810045/150‑1 (MQ=255) gTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATa > 2:3004476/1‑150 (MQ=255) gTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATa > 1:5209871/1‑150 (MQ=255) atatGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACACTTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAGAGTGGATTTCGAATTATGATAGcc > 2:1144441/1‑150 (MQ=255) tatGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCt < 2:2380105/150‑1 (MQ=255) tatGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCt < 1:1558476/150‑1 (MQ=255) atGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTg < 2:3936111/150‑1 (MQ=255) atGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTg > 2:355109/1‑150 (MQ=255) atGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTg > 2:623658/1‑150 (MQ=255) aCCCATGATCAGTCACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAAc < 2:3400078/150‑1 (MQ=255) aCCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAAc < 1:300215/150‑1 (MQ=255) cccAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACt < 1:4921001/150‑1 (MQ=255) cAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACttt > 1:599686/1‑150 (MQ=255) cAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACttt > 2:3749055/1‑150 (MQ=255) ggATCAGACACAATAATTTTATTGGTGTGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGa > 1:1865710/1‑150 (MQ=255) ggATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGa < 2:5145926/150‑1 (MQ=255) gATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTGTTATAGCCGGTTAACTTTTAg > 2:724855/1‑150 (MQ=255) gATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAg < 2:1104095/150‑1 (MQ=255) gATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAg < 2:2202668/150‑1 (MQ=255) cAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGa > 2:3208420/1‑150 (MQ=255) caATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCtt < 1:3768714/150‑1 (MQ=255) aataatTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCttt > 1:2837710/1‑150 (MQ=255) ataatTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTc > 1:5175932/1‑150 (MQ=255) atTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGtt > 1:5076238/1‑150 (MQ=255) ttttATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTg < 1:141274/150‑1 (MQ=255) ttATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTgcg < 1:349838/150‑1 (MQ=255) ttATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTATTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAATAATTGGATTTCGAATTTTGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTgcg < 1:837008/150‑1 (MQ=255) aTTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCa > 1:3182105/1‑150 (MQ=255) aTTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCa < 2:2089832/150‑1 (MQ=255) gTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGAtt > 1:481412/1‑150 (MQ=255) gTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGAtt > 1:3755170/1‑150 (MQ=255) gTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGAtt > 2:2694420/1‑150 (MQ=255) gTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTCGCGCAACTCAGAtt < 1:1081765/150‑1 (MQ=255) tGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTg < 1:4527156/150‑1 (MQ=255) gTTATTTGTAAAGTCTTCTTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATaa < 1:2335184/150‑1 (MQ=255) tATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATaaaa > 1:4362086/1‑150 (MQ=255) ttGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTg > 2:131266/1‑150 (MQ=255) gTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGt < 2:3964740/150‑1 (MQ=255) gTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGt < 1:1176261/150‑1 (MQ=255) gTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGt < 1:2195397/150‑1 (MQ=255) aaaGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATCAAAGTGGTTa > 1:1874630/1‑150 (MQ=255) aaaGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTa < 1:3985747/150‑1 (MQ=255) aaGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTAt < 2:2778112/150‑1 (MQ=255) aGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATc < 2:1579373/150‑1 (MQ=255) gTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCa > 1:2045824/1‑150 (MQ=255) tCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTg < 2:260194/150‑1 (MQ=255) gTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCt > 1:1453866/1‑150 (MQ=255) gTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCt < 1:201971/150‑1 (MQ=255) ataCAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCCTCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCttt < 1:4556190/150‑1 (MQ=255) ataCAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCttt > 2:4805447/1‑150 (MQ=255) ataCAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCttt > 2:3684398/1‑150 (MQ=255) taCAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTtc < 2:1651652/150‑1 (MQ=255) aCAAAAACACAGTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGGTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATCAAAGTGGGTATCAGGTGCTTtca > 2:2304986/1‑150 (MQ=255) aaaaCACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTtcatca > 2:5322504/1‑150 (MQ=255) aaaaCACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTtcatca > 2:2823267/1‑150 (MQ=255) aaaCACATTCAAACAATTTTTTTAACAACCTCCATCATGCATTAAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATCGCCTGTTAACATTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATCAAAGTGGTTATCAGGTGCTGtcatcac > 2:2666731/1‑149 (MQ=255) acacATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCaaaa < 1:4181013/150‑1 (MQ=255) acaTTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCaaaaaa > 2:155601/1‑150 (MQ=255) caTTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAAt > 1:3204085/1‑150 (MQ=255) aTTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATg > 2:2887976/1‑150 (MQ=255) ttCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGa < 2:4037814/150‑1 (MQ=255) tCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGaa > 1:2953064/1‑150 (MQ=255) cAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGaaa > 1:4726716/1‑150 (MQ=255) aaCAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACt < 2:1824115/150‑1 (MQ=255) actttttttAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGtt < 1:956455/148‑1 (MQ=255) aaTTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGtt < 2:4845915/150‑1 (MQ=255) aaTTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGtt < 1:5270549/150‑1 (MQ=255) aaTTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGtt > 2:1862832/1‑150 (MQ=255) aaTTTTTTTAACAAAATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGtt < 2:4306904/150‑1 (MQ=255) tttttttAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCa < 2:4674020/150‑1 (MQ=255) tAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCAt > 1:4488723/1‑150 (MQ=255) aacaacATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATg > 1:4888107/1‑150 (MQ=255) aacaacATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATg < 2:4544224/150‑1 (MQ=255) acaacaTCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATgg > 1:3874830/1‑150 (MQ=255) acaacaTCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATgg > 1:3874893/1‑150 (MQ=255) aacaTCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGAt > 1:3085857/1‑150 (MQ=255) acaTCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATa < 2:1229243/150‑1 (MQ=255) catccatcATGAATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATaa < 2:1521168/150‑1 (MQ=255) tccatcATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGt < 1:4037097/150‑1 (MQ=255) tccatcATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGt < 1:1843716/150‑1 (MQ=255) tccatcATGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGt < 1:537250/150‑1 (MQ=255) catcatGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGttt < 1:1244253/150‑1 (MQ=255) catGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAATTTTCtt > 2:5019352/1‑150 (MQ=255) cATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCa < 2:1947016/150‑1 (MQ=255) aTTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAg > 1:251626/1‑150 (MQ=255) tAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGttt > 2:4118057/1‑150 (MQ=255) aGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCa > 2:1768009/1‑150 (MQ=255) aGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCa < 1:4835514/150‑1 (MQ=255) | AACCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCCTT > CP009273/4427500‑4427793 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |