| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,436,662 | G→T | 28.6% | G912C (GGT→TGT) | tamB → | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,436,662 | 0 | G | T | 28.6% | 506.0 / 171.7 | 254 | G912C (GGT→TGT) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/92); new base T (39/34); total (128/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CAGCGGGGATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTA > CP009273/4436513‑4436811 | cGGGGATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTa < 1:2154266/150‑1 (MQ=255) ggggATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTAt < 1:378961/150‑1 (MQ=255) ggggATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTAt > 2:5142194/1‑150 (MQ=255) gggATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATg < 1:2614505/150‑1 (MQ=255) ggATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATgc < 2:909052/150‑1 (MQ=255) ttgTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGAAAAGCGCGCAGTTTATTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTTTGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCt < 1:1250927/148‑1 (MQ=255) ggTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTc > 1:169034/1‑150 (MQ=255) tGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGa > 2:2576328/1‑150 (MQ=255) gANTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGAc > 1:918742/1‑150 (MQ=255) gAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGAc < 2:5319993/150‑1 (MQ=255) gAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGAc > 1:13522/1‑150 (MQ=255) gAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGAc > 1:1220524/1‑150 (MQ=255) aGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACg < 2:5007141/150‑1 (MQ=255) 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ccAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCg > 2:2509285/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCgg < 1:1863143/150‑1 (MQ=255) cAGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCgg > 1:4408871/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCgg > 1:4197497/1‑150 (MQ=255) aGCTTGCGGTCAACTTTAACTGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGa < 2:331950/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |