| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,531,562 | C→T | 6.9% | intergenic (+186/‑292) | fimB → / → fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,531,562 | 0 | C | T | 6.9% | 1301.0 / 51.7 | 378 | intergenic (+186/‑292) | fimB/fimE | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (183/169); new base T (12/14); total (195/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 410 total aligned reads displayed.
CATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATAC‑AAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAATCATTCATAAATTTACACATCACTTAAAATCTCCTGTTTCCGCACTTTTTTCTTTATTTTTTAAGCAACTGGAAGTTAATCCACTGCAATCTATTGTTATATTGAATCAAATCAATGAAAATAGATGTTGTCACATCAGTGATATTTTATT > CP009273/4531413‑4531711 | cATTATTCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATAC‑AAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtc < 2:3672472/150‑1 (MQ=255) attattCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATAC‑AAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtca > 1:4989483/1‑150 (MQ=255) attattCTTACGATATATCAAAAATGATTAACCATTTATTAATTGATGTTATTGTAAGTGTGATTCTTAATTATCATAATAAACATTAAGTTAACCATATCCATAC‑AAAATACAATGGTTTATGTTCTTCAAAATAAATAAACAAAAtca > 2:5298582/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |