| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,575,840 | A→C | 8.4% | pseudogene (793/3567 nt) | hsdR ← | pseudogene, premature stop codon, host restriction; endonuclease R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,575,840 | 0 | A | C | 8.4% | 730.9 / 10.1 | 340 | pseudogene (793/3567 nt) | hsdR | pseudogene, premature stop codon, host restriction; endonuclease R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (159/143); new base C (3/35); total (162/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
AAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGCCT > CP009273/4575691‑4575989 | aaaGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCGTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGaa > 2:2213746/1‑150 (MQ=255) gCCCTGATTACCCGTGTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTGATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCg < 2:216112/150‑1 (MQ=255) cccTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGa > 1:3206914/1‑150 (MQ=255) cTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGAct > 1:3391956/1‑150 (MQ=255) tACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCtctt > 2:4200457/1‑150 (MQ=255) tttCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGc > 2:4259839/1‑150 (MQ=255) cATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGCCTCTCTTCTTCGCtca > 1:4055904/1‑148 (MQ=255) cTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGt > 1:2919450/1‑150 (MQ=255) ttttCCGGTCGGCCATTCGGAATTGGCTTTTTTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGATGCGCTGGGTTTTGCTGTGGGCCTGCCTGCCTGATTTACGCTGTTGCGAATAAATCAGGACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGtt < 1:1215535/150‑1 (MQ=255) tttCCGGGCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTGGGAGACGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGAATCAATCTGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTg < 2:5307657/150‑1 (MQ=255) tCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAg > 2:4447878/1‑150 (MQ=255) ccGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAgt > 2:2661282/1‑150 (MQ=255) ggTCGGCCATTCGGCATTGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAgtgt < 2:2980604/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAgtgt > 2:5106618/1‑150 (MQ=255) gTCGGCCATTCGGCAAGGGCTTTATTGACGCCGGTTTCCGGACGTGCGCTTTTGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCGGCTTTACGCAGTGGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGtgtg < 2:668838/150‑1 (MQ=255) ggCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTgcgc > 1:1870426/1‑150 (MQ=255) ggCCATTCGGCAATGGCGTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTgcgc > 2:102161/1‑150 (MQ=255) aTTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGa > 2:1330099/1‑150 (MQ=255) aTTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGa > 2:3749170/1‑150 (MQ=255) ttCGGCATTGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGAt < 2:1712816/150‑1 (MQ=255) ttCGGCAATGGATTTATTGCCGCCGGGTACCGGACGGGCGCATTTGGAGAAGCGCCGGGTTTTGCTGCCGGCCTGCCAGCCTGATTTCCGCTGTGGCGCATAAAACCGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGAt < 1:4410983/150‑1 (MQ=255) tCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATg > 2:3253782/1‑150 (MQ=255) gcGGCATTGGCTTTATGGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATg < 2:3909186/149‑1 (MQ=255) ggatttATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTGGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCTGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATc < 2:830523/147‑1 (MQ=255) ggCTTTTTTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCTGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATc < 1:5266935/150‑1 (MQ=255) ggCTTTTTTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATc < 2:3502065/150‑1 (MQ=255) ggCTTTATTGCCGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCTGTTGCGCATCAATCAGGACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATc < 2:3677067/150‑1 (MQ=255) ggCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATc < 2:3117518/150‑1 (MQ=255) tATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTaa > 1:1459735/1‑150 (MQ=255) tgccgcgGGGTTCGGGAGGTGCGCCTTTGGCGAGGCGCTGGGTTTTGCGGTGGGCCGGCCAGCGTGCTTTACGCCGTTGCGCATCAAACCGCACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAAttt < 1:3154462/147‑1 (MQ=255) aCGCGGGGTTCCGGAGGTGCGCTTTTGGAGAAGCGCTGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTCCGCTGTTGCGAATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCt < 1:2867940/150‑1 (MQ=255) gcggggTTCCGGAGGTGCGCTTTTTGAGATGCGATGTTTTTTGCTGTGGGCTTGCCAGCTTGCTTTCCGCTTTTGCGAAAAAATAAGTACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCttt < 1:2065133/147‑1 (MQ=255) gCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTGGGAGATGCGCTGGGTTTGGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCTGTTGCGCATCAAACAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCttt < 1:4273143/150‑1 (MQ=255) cGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAGGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTtgt > 2:4722984/1‑150 (MQ=255) gTTCCGGCCGTGCGCCTTGGTTGAAGCGCTGGGTTTTGCGGTCGGCCTGCCAGCCTGCTGTACGCAGTTGCGAATCAATCTGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGt < 2:2010499/150‑1 (MQ=255) gTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCTGTTGCGCATCAATCAGCAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGt < 1:2981405/150‑1 (MQ=255) tCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCTGTTGCGAAACAATCAGCACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTaa < 1:2751478/150‑1 (MQ=255) tCCGGACGTGCGCATTTGGAGATGCGCTGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGTTTTACGCTGTTGCGAATCAATCCGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTaa < 1:3261954/150‑1 (MQ=255) cGGAGGTGCGCGTTTGTATAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCGTGTTTTACGATTTTGCTAATAAATCCGGACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGc < 1:5003365/150‑1 (MQ=255) gACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGATTTACGCTGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCt < 1:3981173/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTGGATGGCCTGATCGGTACTTTCTTTGTGGTAAGCCTTAc > 2:60547/1‑150 (MQ=255) tGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACg > 1:2571528/1‑150 (MQ=255) cTTTGTAGAAGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCTGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCt < 2:4980148/150‑1 (MQ=255) cTTTGGAGAAGCGCAGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCt < 2:2841101/150‑1 (MQ=255) cTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCt > 1:4183563/1‑150 (MQ=255) tttGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTg > 2:3577914/1‑150 (MQ=255) tgcagaCGCGCTGGTTTTTGCTGGCGGCCGCCCAGCCGGATTTCCGCTGTTGCGAAACAAACAGCACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGtt < 1:1817994/147‑1 (MQ=255) tGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGtt < 2:296149/150‑1 (MQ=255) ggAGAAGCGCTGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGAATCAATCAGTAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTc < 1:1281099/150‑1 (MQ=255) gagaAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCg > 1:3052667/1‑150 (MQ=255) acgcgcTGGTTTTTGCGTCCGGCCTGCAAGCCTGATTTACTCTGTTGCGCATAAATCAGTAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTc < 1:1093425/148‑1 (MQ=255) tgcgcAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCt < 2:276437/149‑1 (MQ=255) cgcgcTGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCt < 1:4793917/149‑1 (MQ=255) gcAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGtt > 1:2658063/1‑150 (MQ=255) tgggTTTGGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAAACAGCAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGtttt < 1:82471/149‑1 (MQ=255) aGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGtttt < 2:1301410/150‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCCGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGc < 2:4099120/150‑1 (MQ=255) ttttGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTCCGCAGTTGCGCATCAACCAGTAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCa < 2:203210/150‑1 (MQ=255) ttttGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCa > 1:4026677/1‑150 (MQ=255) tttgGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGATTTCCGCTGTTGCGCATCAATCAGGACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCa < 1:2440417/150‑1 (MQ=255) tttGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAg > 1:5028626/1‑150 (MQ=255) ttGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGt > 2:4337242/1‑150 (MQ=255) cTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTcc > 2:5250745/1‑150 (MQ=255) cTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTAACGCTGTTGCGCATCAATCCGGACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTcc < 1:1769850/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGtt < 2:363607/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCCAGCCGGATTTACGCTGTTGCGCAACAAACAGCAAGCGACTCCCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGtt < 1:51399/150‑1 (MQ=255) gCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGttc < 1:2015624/150‑1 (MQ=255) cTGCCAGCCTGGTTTACGATGTTGCGCATCAATCAGGACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGttctt < 1:2203708/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGCAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGttctt < 1:4676402/150‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTtcttct < 2:1529945/150‑1 (MQ=255) gCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTtcttct < 2:3384630/150‑1 (MQ=255) cccgCCTGCTTTACGCTGTTGCGCATCAAGCAGTAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTtctc < 2:2447616/147‑1 (MQ=255) ccTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCg > 2:4383239/1‑150 (MQ=255) cTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGa > 1:79581/1‑150 (MQ=255) cTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGa > 2:2472782/1‑150 (MQ=255) cTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGa > 1:2378671/1‑150 (MQ=255) cTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGa > 1:757303/1‑150 (MQ=255) cTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGa > 1:978201/1‑150 (MQ=255) ttACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCtgt > 2:1447568/1‑150 (MQ=255) tccGCTGTGGCGCATCAATCAGCACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCtgtg < 1:2312781/148‑1 (MQ=255) tACGCTGTTGCGCAACAATCCGCACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCtgtg < 1:577466/150‑1 (MQ=255) cGCAGTTGCGCATCAATCAGGACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCt < 2:3978228/150‑1 (MQ=255) gCAGTTGCGCATAAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCtt < 1:393298/150‑1 (MQ=255) ggcgcATCAATCCGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGt < 1:631271/149‑1 (MQ=255) gcATCAATCTGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGcc < 1:438625/150‑1 (MQ=255) gcATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGcc > 2:4482545/1‑150 (MQ=255) atcaatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGc > 1:3682590/1‑150 (MQ=255) atcaatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGGTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGc > 2:4833836/1‑150 (MQ=255) caatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCaa > 1:254745/1‑150 (MQ=255) caatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCaa > 2:4740384/1‑150 (MQ=255) atcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAgg > 1:3873029/1‑150 (MQ=255) caGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCg > 1:4527521/1‑150 (MQ=255) caGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCg < 1:1330099/150‑1 (MQ=255) aGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGa < 1:3775390/150‑1 (MQ=255) aGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGa > 1:3508675/1‑150 (MQ=255) ggAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAg < 2:891801/150‑1 (MQ=255) gAAGAGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGc < 1:5311897/150‑1 (MQ=255) aaGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGcc > 1:1701712/1‑150 (MQ=255) aGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGCCt < 2:4611219/150‑1 (MQ=255) aGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGCCt > 2:1634427/1‑150 (MQ=255) | AAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGCCT > CP009273/4575691‑4575989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |