Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,584,381 | G→T | 100% | I53I (ATC→ATA) | yjjL ← | L‑galactonate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,584,381 | 0 | G | T | 99.7% | 1125.8 / ‑4.4 | 343 | I53I (ATC→ATA) | yjjL | L‑galactonate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (169/173); total (169/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
ATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATT > CP009273/4584234‑4584527 | aTCCAATAGTGGGCCGCAAGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTAt > 1:4675762/1‑150 (MQ=255) tCCAATAGTGGGCCGCAAGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTAtt < 1:2831941/150‑1 (MQ=255) tCCAATAGTGGGCCGCAAGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTAtt < 1:3866514/150‑1 (MQ=255) cAATAGTGGGCCGCAAGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTAc > 2:377790/1‑150 (MQ=255) aaTAGTGGGCCGCAAGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTAAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTAcc < 2:1403039/150‑1 (MQ=255) aTAGTGGGCCGCAAGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTAccg < 1:3261684/150‑1 (MQ=255) tGGGCCGCAAGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACcgccgc > 1:1430107/1‑150 (MQ=255) gggCCGCAAGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCa < 1:669843/150‑1 (MQ=255) gggCCGCAAGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCa > 2:3249533/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAaata > 1:3453420/1‑150 (MQ=255) aGGCAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAaataa > 1:5036649/1‑150 (MQ=255) ggcaGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACTAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAaataat < 1:3780260/147‑1 (MQ=255) caGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAAtaataa > 1:211628/2‑150 (MQ=255) caGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAAtaataa < 2:3169776/149‑1 (MQ=255) aGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATaac > 2:3743566/1‑150 (MQ=255) aGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATaac < 1:4938820/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATaaca > 1:2377334/1‑150 (MQ=255) tGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATaacaac > 1:5220964/1‑150 (MQ=255) tGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATaacaac < 2:4665363/150‑1 (MQ=255) gcgcAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACAGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAacaaca > 1:3661848/1‑150 (MQ=255) tcAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTACGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTACGGTCGAGATAATATATTACAGCCTCAAAAAATAAAaacaaaaaa > 2:5321380/2‑146 (MQ=255) aTCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCg > 2:2295177/1‑150 (MQ=255) aTCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCACAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCg < 1:843239/150‑1 (MQ=255) ccGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTCATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATACCAACCTGGCggtg < 2:3900855/150‑1 (MQ=255) ccGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCggtg < 2:2671562/150‑1 (MQ=255) aaGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGttt > 2:1758284/1‑150 (MQ=255) aaGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGttt < 2:4338724/150‑1 (MQ=255) aGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATg < 2:4205963/150‑1 (MQ=255) gTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGc < 1:308874/150‑1 (MQ=255) gTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGc > 2:4749800/1‑150 (MQ=255) gAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGt > 1:4278703/1‑150 (MQ=255) gAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCACCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGt > 2:3962290/1‑150 (MQ=255) aaaaCACGGAGAGCAAAGCTCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCAAGAATCGTTAAATTTTATAACGACAGCGAACTGCGGTCTAGATAATTTATTACAGCCGCAAAAAATAAAAACAACAAGGCGGTTGTTTGAATGCGta > 1:2595719/1‑149 (MQ=255) aaaaCACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGtt < 1:239906/150‑1 (MQ=255) ggAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCg < 2:1365367/150‑1 (MQ=255) agagCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATACTTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCggg > 2:3582790/1‑150 (MQ=255) agagCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCggg < 1:1103566/150‑1 (MQ=255) gCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTAc < 2:3030315/150‑1 (MQ=255) cAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACt < 1:3314469/150‑1 (MQ=255) cAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACt > 2:3809096/1‑150 (MQ=255) aaaGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTg > 2:2951947/1‑150 (MQ=255) gcgcCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGt < 1:4213749/150‑1 (MQ=255) gcgcCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGt > 1:3753006/1‑150 (MQ=255) gcCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTg < 2:2626283/150‑1 (MQ=255) ccGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGa > 2:3370719/1‑150 (MQ=255) cGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGaa > 1:397557/1‑150 (MQ=255) cGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGaa > 2:2782677/1‑150 (MQ=255) aTTTCGGTGGCACTTAATCCCATTTATTCTCGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACt < 1:3057101/150‑1 (MQ=255) aTTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACt < 2:4842896/150‑1 (MQ=255) tCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAAt < 1:4995884/150‑1 (MQ=255) tCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAAt < 1:3495251/150‑1 (MQ=255) ggTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATcc > 2:2199895/1‑150 (MQ=255) gTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGACACGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACAGCGGTCGAGATACAGTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTCGGGTGAATGCGTTTCCTTCGGGTCCTGCGTGCAACGAATCCa > 2:1457485/1‑150 (MQ=255) 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ccAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACgg > 2:3495037/1‑150 (MQ=255) cAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACggg > 1:2858000/1‑150 (MQ=255) aaTTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGa < 1:1807050/150‑1 (MQ=255) aTTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGac > 1:1238613/1‑149 (MQ=255) aTTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGaa > 2:5246113/1‑150 (MQ=255) 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aaTTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGatat < 1:1685794/150‑1 (MQ=255) aaTTTATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGatat > 2:945303/1‑150 (MQ=255) | ATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATT > CP009273/4584234‑4584527 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |