| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,584,775 | C→A | 100% | E298D (GAG→GAT) | yjjM ← | yjjMN operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,584,775 | 0 | C | A | 99.1% | 1043.2 / ‑1.5 | 324 | E298D (GAG→GAT) | yjjM | yjjMN operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base A (156/165); total (158/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
TTTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCAGAGCGCTGAGAATGGTCATATGCTCATCGACGGCAATGATATTGCGCTGTTTAAGATC > CP009273/4584628‑4584921 | ctacCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTa > 1:3390995/1‑150 (MQ=255) tacCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTaa < 1:1111562/150‑1 (MQ=255) acCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAAt < 2:4548599/150‑1 (MQ=255) ccGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATg > 2:2266429/1‑150 (MQ=255) cGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATgg > 2:917352/1‑150 (MQ=255) gCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCAGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGa > 2:119556/1‑150 (MQ=255) cTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGAt < 1:3817062/150‑1 (MQ=255) cacaAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCg < 2:3192750/150‑1 (MQ=255) cacaAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCg > 1:4639994/1‑150 (MQ=255) acaAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGa > 2:1755547/1‑150 (MQ=255) aaaaaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAAt < 1:3955789/150‑1 (MQ=255) aCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCatt < 2:5113321/150‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCattga < 2:1852944/150‑1 (MQ=255) ttttAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCattgatt < 2:2116321/150‑1 (MQ=255) ttttAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCattgatt < 2:3669084/150‑1 (MQ=255) ttttAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCattgatt < 1:4420640/150‑1 (MQ=255) aGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGttt < 1:893105/150‑1 (MQ=255) cGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGc < 1:4060167/150‑1 (MQ=255) cTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGa > 1:546049/1‑150 (MQ=255) cTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGa > 1:4872738/1‑150 (MQ=255) gATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAAt > 1:663312/1‑150 (MQ=255) aTTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAAtt < 1:3169434/150‑1 (MQ=255) gtgAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCaa < 2:3267550/150‑1 (MQ=255) gtgAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCaa < 2:2452424/150‑1 (MQ=255) gAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAAt > 1:5322471/1‑150 (MQ=255) gAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAAt > 1:458458/1‑150 (MQ=255) gAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAAt < 2:3753688/150‑1 (MQ=255) aGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATg > 2:2387460/1‑150 (MQ=255) aGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATg > 1:3042524/1‑150 (MQ=255) aGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATg < 1:1744215/150‑1 (MQ=255) aGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATg > 1:2163444/1‑150 (MQ=255) cATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGt > 1:1597184/1‑150 (MQ=255) cATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGt > 1:346643/1‑150 (MQ=255) cATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGt < 2:4812544/150‑1 (MQ=255) aTAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTGATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGtt > 2:4725290/1‑150 (MQ=255) tAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTa < 1:3718272/150‑1 (MQ=255) tgttAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATATAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTTATCCTTACTTTATGATCATAAAGCGTGTTATCATTTATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATTGTTAc < 2:1917181/147‑1 (MQ=255) ggTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACg < 1:3573820/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAg < 1:2214352/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAg > 1:2356623/1‑150 (MQ=255) gCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAgcg < 1:1258044/150‑1 (MQ=255) gggAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCa > 1:2006933/1‑150 (MQ=255) ggAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCaa < 2:4911530/150‑1 (MQ=255) aaTTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAgg > 1:4711092/1‑150 (MQ=255) aaTTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAgg > 2:619524/1‑150 (MQ=255) aTTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAggg > 1:2599431/1‑150 (MQ=255) ggTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATc > 1:3986678/1‑150 (MQ=255) gTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCACGGGTGGCATCa > 2:3506565/1‑150 (MQ=255) tATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCaa > 2:3814845/1‑150 (MQ=255) aTTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAg < 1:5201760/150‑1 (MQ=255) tttATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAgg < 2:3883582/150‑1 (MQ=255) ctattGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAATGGTGGCATCAATGTCACt < 1:3136772/147‑1 (MQ=255) tttGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGc < 2:3605316/150‑1 (MQ=255) 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aCCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCa < 2:4123260/150‑1 (MQ=255) cGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCaga > 1:2786840/1‑150 (MQ=255) cGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCaga > 2:3039870/1‑150 (MQ=255) gTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGTGGCAAATCagag > 1:4187421/1‑150 (MQ=255) gTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCagag > 1:4906806/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |