Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,606,167 | G→T | 7.3% | S239* (TCA→TAA) | yjjI ← | DUF3029 family protein, putative glycine radical enzyme |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,606,167 | 0 | G | T | 7.3% | 1153.5 / 35.2 | 316 | S239* (TCA→TAA) | yjjI | DUF3029 family protein, putative glycine radical enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/182); new base T (14/10); total (124/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
ATTCACACCGCGCATCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGTTTGCTACATTCACAGATGTTCTTCGCCACTTCCAGCAGCAGGTCATCAGGGGTGATTTCAGGATCGTAGATA > CP009273/4606018‑4606316 | ttCACACCGCGCATCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGa < 1:926078/150‑1 (MQ=255) cacaCCGCGCATCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGt > 2:1458765/1‑150 (MQ=255) acacCGCGCATCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGtt > 1:1770849/1‑150 (MQ=255) acacCGCGCATCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGtt < 1:4594721/150‑1 (MQ=255) cacCGCGCATCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTg < 1:4458904/150‑1 (MQ=255) acCGCGCATCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGt < 1:3368301/150‑1 (MQ=255) aTCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCt < 2:3569038/150‑1 (MQ=255) aTCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCt > 2:1387264/1‑150 (MQ=255) aTCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGAGTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCCCCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTACCTGCt > 2:3844426/1‑150 (MQ=255) aTCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGAGTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCt > 1:2321814/1‑150 (MQ=255) atgatgGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTcaca < 1:4126433/150‑1 (MQ=255) atgatgGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTcaca < 2:2450961/150‑1 (MQ=255) tgGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCTGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATcc < 1:4935072/150‑1 (MQ=255) 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tCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCg < 1:3181437/150‑1 (MQ=255) tCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCg < 2:4280902/150‑1 (MQ=255) aTCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTTAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGAt < 2:651598/150‑1 (MQ=255) cAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGAtgtg < 2:352253/150‑1 (MQ=255) gATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGt > 2:3494352/1‑150 (MQ=255) 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ccaccCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGTTTGCTACATTCACAGATGTTCTTCGCCACTTCCAGCAGCAGGTCATCAGGGGTg < 1:4731740/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGTTTGCTACATTCACAGATGTTCTTCGCCACTTCCAGCAGCAGGTCATCAGGGGTGATTTCa < 2:232289/150‑1 (MQ=255) cGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGTTTGCTACATTCACAGATGTTCTTCGCCACTTCCAGCAGCAGGTCATCAGGGGTGATTTCAGGATc < 2:4101118/150‑1 (MQ=255) cAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGTTTGCTACATTCACAGATGTTCTTCGCCACTTCCAGCAGCAGGTCATCAGGGGTGATTTCAGGATCGTa > 1:4494611/1‑150 (MQ=255) cAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGTTTGCTACATTCACAGATGTTCTTAGCCACTTCCAGCAGCAGGTCATCAGGGGTGATTTCAGGATCGTa > 2:1618674/1‑150 (MQ=255) 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tGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGTTTGCTACATTCACAGATGTTCTTCGCCACTTCCAGCAGCAGGTCATCAGGGGTGATTTCAGGATCGTAGAt < 2:5196278/150‑1 (MQ=255) tGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGTTTGCTACATTCACAGATGTTCTTCGCCACTTCCAGCAGCAGGTCATCAGGGGTGATTTCAGGATCGTAGAt < 2:2858956/150‑1 (MQ=255) | ATTCACACCGCGCATCGATGATGGCGATCTGCTGCTGGCAGTAGTGCGGTAGAGTGCGCGTAAAGAAGTCATCCAGCGATTCGCTGCGCTCGGCAATGGCTTTCAGGTTAAGGCGTACCAGCGTGCTGCCACCACCCGCCAGCGGCAGTGAGTTGTAACAGCTCACAATCCCGTAGCCCCCTTTTGTGAAAATTTTATCATGCACCGGACCGTTGGCGATGTGCGGTTTGCTACATTCACAGATGTTCTTCGCCACTTCCAGCAGCAGGTCATCAGGGGTGATTTCAGGATCGTAGATA > CP009273/4606018‑4606316 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |