| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 42,150 | G→A | 100% | intergenic (‑219/‑253) | caiT ← / → fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 42,150 | 0 | G | A | 98.9% | 1155.6 / 1.2 | 352 | intergenic (‑219/‑253) | caiT/fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base A (163/184); total (166/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
ATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACAT > CP009273/42003‑42296 | ataATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATAct > 2:4320616/1‑150 (MQ=255)ataATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATAct > 2:1147675/1‑150 (MQ=255) taATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATActc < 2:4706621/150‑1 (MQ=255) aaTTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATActct < 1:791696/150‑1 (MQ=255) aaTTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATActct > 2:3906127/1‑150 (MQ=255) aaTTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATActct < 2:265099/150‑1 (MQ=255) attattattAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtg < 1:4295947/150‑1 (MQ=255) attattattAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtg > 1:1297356/1‑150 (MQ=255) tattattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgtt > 2:1211477/1‑150 (MQ=255) tattattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgtt > 2:1542988/1‑150 (MQ=255) attattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGACTAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgttg > 1:703188/1‑150 (MQ=255) attattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgttg < 2:4996201/150‑1 (MQ=255) attattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgttg > 2:1133192/1‑150 (MQ=255) attattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgttg > 2:3142873/1‑150 (MQ=255) ttattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgttgt < 1:3640182/150‑1 (MQ=255) aaCCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTa < 1:2478252/150‑1 (MQ=255) aCCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTTATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTTTTATACTCTGTTGTGAGTaa > 1:1877149/1‑150 (MQ=255) cGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTaaaaaa > 1:4584103/1‑150 (MQ=255) 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ggCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTc > 2:2088923/1‑150 (MQ=255) tAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAat < 1:2445630/150‑1 (MQ=255) cTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATAtt < 2:4600871/150‑1 (MQ=255) cTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATAtt < 2:3074262/150‑1 (MQ=255) cTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATAtt > 1:1202870/1‑150 (MQ=255) 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tgATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCtt > 1:5188589/1‑150 (MQ=255) gATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCttt < 2:835756/150‑1 (MQ=255) gATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCttt < 1:1397440/150‑1 (MQ=255) ttGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCttttt > 2:1275743/1‑150 (MQ=255) tGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTGTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTg < 2:4909198/150‑1 (MQ=255) aTCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTAc > 1:1646307/1‑150 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGcc < 1:4037190/150‑1 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGcc < 2:1942970/150‑1 (MQ=255) acaTTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGcc < 2:5301912/150‑1 (MQ=255) tGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGtttt > 1:3820235/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |