| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 411,556 | C→A | 24.6% | D285Y (GAT→TAT) | sbcD ← | exonuclease, dsDNA, ATP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 411,556 | 0 | C | A | 24.6% | 695.6 / 170.3 | 296 | D285Y (GAT→TAT) | sbcD | exonuclease, dsDNA, ATP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/99); new base A (36/37); total (160/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TTCGACAGGCAATGATTCGGTTAATGCCTGGATTTTGCGCTGAATATCATGCAGATACTCATCAGTAGTGATTTCGATATCCAGCCAGACAGGTGGCTCCTGCGATACATCGCGCCACTGTTCCAGCTGTGCGGTAATCGACGCCAGATCGCCTTTCAGCACTGCCATGGGTTGCGTTACCGGTACGTTCAGGTTTTCCACGCTCTCTAATTTGCCGTTTGAAAATGTCACCAGATGGACATATTTACTCTTACCGCATTCATCAAAACTCAGTGGAATGGGGGAGCCGCAATAGCGA > CP009273/411407‑411704 | ttCGACAGGCAATGATTCGGTTAATGCCTGGATTTTGCGCTGAATATCATGCAGATACTCATCAGTAGTGATTTCGATATCCAGCCAGACAGGTGGCTCCTGCGATACATCGCGCCACTGTTCCAGCTGTGCGGTAATCGACGCCAGATc < 1:3698213/150‑1 (MQ=255)ttCGACAGGCAATGATTCGGTTAATGCCTGGATTTTGCGCTGAATATCATGCAGATACTCATCAGTAGTGATTTCGATATCCAGCCAGACAGGTGGCTCCTGCGATACATCGCGCCACTGTTCCAGCTGTGCGGTAATCGACGCCAGATc < 1:2924978/150‑1 (MQ=255) aCAGGCAATGATTCGGTTAATGCCTGGATTTTGCGCTGAATATCATGCAGATACTCATCAGTAGTGATTTCGATATCCAGCCAGACAGGTGGCTCCTGCGATACATCGCGCCACTGTTCCAGCTGTGCGGTAATCGACGCCAGATCGCCt > 2:119368/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |