| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 518,654 | G→T | 8.2% | intergenic (+368/‑63) | ybbP → / → rhsD | putative ABC transporter permease/Rhs family putative polymorphic toxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 518,654 | 0 | G | T | 8.2% | 1182.3 / 44.1 | 336 | intergenic (+368/‑63) | ybbP/rhsD | putative ABC transporter permease/Rhs family putative polymorphic toxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (141/166); new base T (13/16); total (154/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |