Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 524,496 | T→G | 100% | pseudogene (401/491 nt) | ybbD → | pseudogene |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 524,496 | 0 | T | G | 100.0% | 1434.8 / ‑6.7 | 362 | pseudogene (401/491 nt) | ybbD | pseudogene |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/3); new base G (170/189); total (170/192) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
TTCCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGGAAA > CP009273/524349‑524642 | tCCCTAACAAATGATGATGGGGTTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATAAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGGGTa < 2:778144/150‑1 (MQ=255) tCCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGGGTa < 2:4318234/150‑1 (MQ=255) cccTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTCAGATACCAGGGCAAGGGGATGGGGTaa > 2:2484814/1‑150 (MQ=255) 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aTGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGGaa < 2:1177211/150‑1 (MQ=255) aTGGGGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGGaa > 2:3952055/1‑150 (MQ=255) | TTCCCTAACAAATGATGATGGGGGTAGGTTTAAGAAAACATTGACAGTGAGGGCCAGGGAACAAGTGGCGAAAATCGTATCAAAGAATGATCCAGATACAAAAAAAGTGTGGTGTAAATATGGTAAGATACCAGGGCAAGGGGATGGTGTAAACC‑TTTTTTTTGTTGGTGAAATTAATGTTACGCATTATTTTATAACAAATATTGGAGCTGGATTGCCTGATGCTTGTGCAGAGTAATTGCTTGAATTAAGAGTCTATCCCATATCGAAGTCGTCAACTTCGTAGTGAGGAAA > CP009273/524349‑524642 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |