| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 580,366 | G→T | 100% | R242S (CGC→AGC) | ompT ← | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 580,366 | 0 | G | T | 99.8% | 998.6 / ‑6.3 | 305 | R242S (CGC→AGC) | ompT | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (171/133); total (171/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
TATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTTGTT > CP009273/580219‑580512 | ttattGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATaa < 1:5098609/150‑1 (MQ=255) ttattGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATaa > 1:2813250/1‑150 (MQ=255) ttattGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATaa < 2:3846218/150‑1 (MQ=255) tattGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAg > 2:3422674/1‑150 (MQ=255) tattGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAg < 1:3687443/150‑1 (MQ=255) attGTGATCATAAAGTGAAGTATTACC‑TTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTg > 1:2403011/1‑150 (MQ=255) gATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTc < 1:5147135/150‑1 (MQ=255) gATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTc > 1:3861702/1‑150 (MQ=255) 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cATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCttt < 1:5219728/150‑1 (MQ=255) aTAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTAGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCtttt > 2:103781/1‑150 (MQ=255) aaaGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTc < 1:4572016/150‑1 (MQ=255) aaaGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTc < 1:101981/150‑1 (MQ=255) aaaGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGAGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTc > 2:1448394/1‑150 (MQ=255) 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aCCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAgtg > 1:3407208/1‑150 (MQ=255) ccTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAgtgt > 1:1303968/1‑150 (MQ=255) ttttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCAt < 1:86913/150‑1 (MQ=255) ttATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCg < 1:4964816/150‑1 (MQ=255) tATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGt > 1:170985/1‑150 (MQ=255) 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aTTCCATGCGCCTTCAACTTAATCTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATTACCTGCTTTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTc < 1:1770064/150‑1 (MQ=255) ttCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTcc > 1:1402172/1‑150 (MQ=255) gtCCATGCGCCGTCAACATAAACTTGTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTcc < 2:2776056/149‑1 (MQ=255) ccATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCAc > 2:1409373/1‑150 (MQ=255) ccATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGGCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCAc < 1:824911/150‑1 (MQ=255) cATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCAcc > 2:4284302/1‑150 (MQ=255) aTGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCAccc > 2:1119416/1‑150 (MQ=255) aTGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCAccc > 2:4248346/1‑150 (MQ=255) tGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCa < 1:3343199/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCa < 1:2514568/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |