| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 631,020 | G→T | 30.2% | Q336K (CAG→AAG) | ybdN ← | PAPS reductase‑like domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 631,020 | 0 | G | T | 30.2% | 606.0 / 231.1 | 317 | Q336K (CAG→AAG) | ybdN | PAPS reductase‑like domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/121); new base T (35/61); total (135/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
ATAGTTCTTCGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGATTGTCATGT > CP009273/630871‑631168 | aGTTCTTCGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGAt < 1:120680/150‑1 (MQ=255) ttcttcGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATAc < 2:4988579/150‑1 (MQ=255) cttcGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCa > 1:5089691/1‑150 (MQ=255) cttcGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCa > 1:3372933/1‑150 (MQ=255) cGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTg < 2:1753216/150‑1 (MQ=255) cGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTg < 1:3913206/150‑1 (MQ=255) gATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTAGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGc > 1:2427549/1‑150 (MQ=255) ttGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCaaat < 2:1111882/150‑1 (MQ=255) gtgtgGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCaaat < 2:4940330/149‑1 (MQ=255) ggggCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCaaataaat < 1:1636125/150‑1 (MQ=255) gggCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATg > 2:3190651/1‑150 (MQ=255) gggCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATg < 1:975124/150‑1 (MQ=255) tAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGa > 2:3500359/1‑150 (MQ=255) tAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGa > 2:826413/1‑150 (MQ=255) aaaTGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGAt < 2:2135451/150‑1 (MQ=255) tGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGAtttt < 2:4084158/150‑1 (MQ=255) tGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGAtttt < 2:1421894/150‑1 (MQ=255) gATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTa < 2:4932425/150‑1 (MQ=255) 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aaaaCTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATg > 2:3974504/1‑150 (MQ=255) aaaaCTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATg > 1:4792932/1‑150 (MQ=255) tGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGa > 1:3016595/1‑150 (MQ=255) tGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGa > 2:566315/1‑150 (MQ=255) gCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGag < 1:1888726/150‑1 (MQ=255) atatCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATTTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGagca < 1:5196686/150‑1 (MQ=255) tatCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGagcag > 2:2179728/1‑150 (MQ=255) tatCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGagcag > 1:4943702/1‑150 (MQ=255) tatCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGagcag > 2:4405342/1‑150 (MQ=255) atCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGagcagc < 2:238103/150‑1 (MQ=255) tCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAgcagca > 1:1744831/1‑150 (MQ=255) cgccgcCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCaat > 2:2709868/1‑150 (MQ=255) cgccgcCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCaat < 1:134156/150‑1 (MQ=255) cgccAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCaataat < 2:4293858/150‑1 (MQ=255) gccAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATg < 2:2517423/150‑1 (MQ=255) 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cGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGTCGATTTTATTGCGGTAATGCGCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCAATAGa > 1:2591926/1‑150 (MQ=255) gATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGaa > 1:3139409/1‑150 (MQ=255) gATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGaa > 1:843463/1‑150 (MQ=255) gCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATg < 1:463017/150‑1 (MQ=255) cTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGAt > 1:4159181/1‑150 (MQ=255) cTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGAt > 1:1496383/1‑150 (MQ=255) ttttttCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGAtt < 1:2877305/150‑1 (MQ=255) ttttttCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGAtt > 2:3695449/1‑150 (MQ=255) tttCTTATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGATTGTc < 1:3826886/150‑1 (MQ=255) tttCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGATTGTc > 2:291155/1‑150 (MQ=255) tttCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGATTGTc > 1:1515636/1‑150 (MQ=255) tGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGATTGTCATGt > 1:866253/1‑150 (MQ=255) | ATAGTTCTTCGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGATTGTCATGT > CP009273/630871‑631168 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |