| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 634,111 | G→T | 10.5% | intergenic (‑82/‑290) | dsbG ← / → ahpC | thiol:disulfide interchange protein, periplasmic/alkyl hydroperoxide reductase, C22 subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 634,111 | 0 | G | T | 10.5% | 1249.8 / 71.5 | 368 | intergenic (‑82/‑290) | dsbG/ahpC | thiol:disulfide interchange protein, periplasmic/alkyl hydroperoxide reductase, C22 subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (179/150); new base T (24/15); total (203/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
GGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGGTCACCTGGAAAGGGGGCCATTTTACTTTTTATCG > CP009273/633962‑634260 | gAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGa > 2:4336152/1‑150 (MQ=255) gAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGa < 1:2289882/150‑1 (MQ=255) aGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCAATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGAt < 1:1842751/150‑1 (MQ=255) 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tAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGGTCACCTGGAAAGGGGGCCATTTTa < 2:661639/150‑1 (MQ=255) aGATCAGGTTATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGGTCACCTGGAAAGGGGGCCATTTTAc > 2:1231014/1‑150 (MQ=255) aGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGGTCACCTGGAAAGGGGGCCATTTTAc > 2:366380/1‑150 (MQ=255) gATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGGTCACCTGGAAAGGGGGCCATTTTACt < 1:826908/150‑1 (MQ=255) gATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGGTCACCTGGAAAGGGGGCCATTTTACt < 1:1115943/150‑1 (MQ=255) 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ggTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGGTCACCTGGAAAGGGGGCCATTTTACTTTTTa > 2:4946998/1‑150 (MQ=255) tGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGGTCACCTGGAAAGGGGGCCATTTTACTTTTTATc > 2:3293814/1‑150 (MQ=255) | GGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGGTCACCTGGAAAGGGGGCCATTTTACTTTTTATCG > CP009273/633962‑634260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |