| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 703,476 | C→A | 5.9% | intergenic (+263/‑314) | glnS → / → chiP | glutamyl‑tRNA synthetase/chitoporin, uptake of chitosugars |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 703,476 | 0 | C | A | 5.9% | 1171.3 / 6.2 | 357 | intergenic (+263/‑314) | glnS/chiP | glutamyl‑tRNA synthetase/chitoporin, uptake of chitosugars |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (87/229); new base A (39/2); total (126/231) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
TCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGCT > CP009273/703328‑703625 | tctGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCAAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑cc < 2:4269407/150‑1 (MQ=255) tgaaaTATATTGTGTTGGGTTTCTTTTTTAGTCCTTATTTGGCGTTCCCGCCCAAACCGGAAACAAAAAGCAAACAATCAAAAACGCCGCGTTCAGCGGCTAATTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCat < 1:1575092/147‑1 (MQ=255) tGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCat < 2:835825/150‑1 (MQ=255) 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ggATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTATTCTTTTATTAGAGAATTAATTACGCGTAGCAATTTAT‑ACATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaat > 2:5183789/1‑150 (MQ=255) ggATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTCTGCTTTTGTTCGCGAATTAATTACGCGTCGCAATTTAT‑CCATAAAAAAAATTTAAAATAACAAAACATAAAttaat > 1:839721/1‑150 (MQ=255) gATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaata < 1:701809/150‑1 (MQ=255) aTAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaataa < 1:3681813/150‑1 (MQ=255) aTAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaataa < 2:3315441/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |