| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 729,456 | G→A | 100% | R75R (AGG→AGA) | ybfB → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 729,456 | 0 | G | A | 97.9% | 1393.5 / 9.7 | 428 | R75R (AGG→AGA) | ybfB | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/5); new base A (140/277); total (145/283) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 428 total aligned reads displayed.
ACTTTCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGA > CP009273/729309‑729602 | cTTTCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAAtt < 2:4959684/150‑1 (MQ=255) cACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATa > 2:5265081/1‑150 (MQ=255) aCTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATag > 1:4519444/1‑150 (MQ=255) 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aCTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTTTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATg > 2:5105158/1‑150 (MQ=255) aCTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATg < 1:4154100/150‑1 (MQ=255) aCTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATg < 2:4452457/150‑1 (MQ=255) aCTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATg < 2:2195960/150‑1 (MQ=255) cTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATgg < 2:4218467/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |