| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 745,893 | G→A | 25.7% | S578L (TCG→TTG) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 745,893 | 0 | G | A | 25.7% | 572.2 / 201.4 | 289 | S578L (TCG→TTG) | ybgQ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/101); new base A (39/35); total (151/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TGGCGGCATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTCGTATTGAATGACGTCGAAATCGAG > CP009273/745744‑746042 | ggcggcATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGa < 1:3925519/150‑1 (MQ=255) cggcATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACTTGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCacaaca < 1:3692335/150‑1 (MQ=255) cggcATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCacaaca < 1:489310/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |