Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 746,916 | A→T | 24.2% | F237Y (TTC→TAC) | ybgQ ← | putative outer membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 746,916 | 0 | A | T | 24.2% | 523.7 / 179.5 | 268 | F237Y (TTC→TAC) | ybgQ | putative outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/97); new base T (35/30); total (141/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GGCCTGATTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGCGATATTCCGCCTGACTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCG > CP009273/746767‑747065 | ggCCTGATTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGa < 2:2118572/150‑1 (MQ=255) gACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGttt < 1:2592229/150‑1 (MQ=255) gACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATAGTGGAACTGTAATCGGttt > 2:4872879/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |