Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 767,399 | A→T | 100% | E162D (GAA→GAT) | cydA → | cytochrome d terminal oxidase, subunit I |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 767,399 | 0 | A | T | 100.0% | 933.3 / ‑6.7 | 288 | E162D (GAA→GAT) | cydA | cytochrome d terminal oxidase, subunit I |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (125/162); total (126/162) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCG > CP009273/767252‑767545 | gTTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATAc < 1:1811952/150‑1 (MQ=255) ttcttcttcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACt > 1:2488598/1‑150 (MQ=255) tcttcttcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTa < 2:2899845/150‑1 (MQ=255) cttcttcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTAt < 1:1930960/150‑1 (MQ=255) tcttcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGc < 1:5297620/150‑1 (MQ=255) cttcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCg < 1:3853082/150‑1 (MQ=255) cttcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCg < 1:1883091/150‑1 (MQ=255) ttcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGt < 1:1451017/150‑1 (MQ=255) cGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTAt < 2:2083671/150‑1 (MQ=255) cGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTAt < 1:2635253/150‑1 (MQ=255) gTTGGGATCGTCTGGGTATAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAATCCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTATgg < 1:4523245/150‑1 (MQ=255) gTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTATgg > 2:1583484/1‑150 (MQ=255) ttGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAAATTTGATACTATGCGTATGga > 1:3017189/1‑150 (MQ=255) tGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTATGgag > 1:4982653/1‑150 (MQ=255) ggATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTATGGAGAt > 1:157368/1‑150 (MQ=255) ggATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTATGGAGAt < 2:625796/150‑1 (MQ=255) gATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTATGGAGATg < 2:1389309/150‑1 (MQ=255) aTCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTATGGAGATgg < 1:3705293/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |