| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 769,423 | C→T | 27.1% | A309V (GCA→GTA) | cydB → | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 769,423 | 0 | C | T | 27.1% | 542.0 / 215.5 | 288 | A309V (GCA→GTA) | cydB | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (94/116); new base T (34/44); total (128/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
AACAACACGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCGCCTGGTGTT > CP009273/769275‑769572 | aacaacACGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCa > 2:4128435/1‑150 (MQ=255) acacGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGt > 2:4591914/1‑150 (MQ=255) cacGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGtt < 1:3094259/150‑1 (MQ=255) gCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTccc > 1:2666137/1‑150 (MQ=255) gCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTccc > 1:61284/1‑150 (MQ=255) gCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTccc > 2:3458652/1‑150 (MQ=255) ccAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCg < 2:1501592/150‑1 (MQ=255) cAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGt > 2:1360483/1‑150 (MQ=255) aaTTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGtt < 1:4519838/150‑1 (MQ=255) aaTTCTGTGGGCTAGTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGtt < 2:4083544/150‑1 (MQ=255) aTTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGttt < 1:2164571/150‑1 (MQ=255) tCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTtgt > 2:3121055/1‑150 (MQ=255) cTGTGGTCTATTCAGTCACTGGGTGTTGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGACGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGAATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTtgtg > 2:3772468/1‑150 (MQ=255) cTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTtgtg < 1:2218870/150‑1 (MQ=255) tgtgGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGa < 1:2265787/150‑1 (MQ=255) tgtgGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGa < 1:675817/150‑1 (MQ=255) tgtgGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCAACATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGa > 2:4613216/1‑150 (MQ=255) gtgGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGAt > 2:1035147/1‑150 (MQ=255) gtgGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGAt < 1:1017554/150‑1 (MQ=255) gggCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGc > 2:4989938/1‑150 (MQ=255) gggCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGc > 1:2051663/1‑150 (MQ=255) ttCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCa < 1:4827451/150‑1 (MQ=255) ccGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGc > 1:705768/1‑150 (MQ=255) ggCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCAc > 1:407577/1‑150 (MQ=255) gCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCAcc < 2:4784294/150‑1 (MQ=255) aCTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCat > 2:374457/1‑150 (MQ=255) aCTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCat < 2:2707238/150‑1 (MQ=255) cTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCatg < 1:658587/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCatgatg > 2:1915129/1‑150 (MQ=255) gTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCa > 1:5293970/1‑150 (MQ=255) tCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAg < 1:2465083/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGt < 1:3018419/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTc < 1:5194234/150‑1 (MQ=255) 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tgctgACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACaa > 2:4386253/1‑150 (MQ=255) gctgACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTTCATAATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCAAGAAGAACGCAAGTCTGACact > 2:3633491/1‑148 (MQ=255) ctgACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAAtg < 1:2839300/150‑1 (MQ=255) aTCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGAt < 1:1717823/150‑1 (MQ=255) aTCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGAt < 1:919470/150‑1 (MQ=255) 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atcatcCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCAtt < 2:2016640/150‑1 (MQ=255) atcatcCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCAtt > 2:2922423/1‑150 (MQ=255) atcCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTg > 1:4249969/1‑150 (MQ=255) ccTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGct < 1:2683450/150‑1 (MQ=255) tGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGctct < 2:1686169/150‑1 (MQ=255) gCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACAcc < 2:2096154/150‑1 (MQ=255) gCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACAcc < 1:1451129/150‑1 (MQ=255) ccGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCg < 1:102513/150‑1 (MQ=255) cGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCGc > 1:4750447/1‑150 (MQ=255) gTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCGCCt > 1:4480329/1‑150 (MQ=255) 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cAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCGCCTGGTGtt > 2:3303400/1‑150 (MQ=255) cAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCGCCTGGTGtt > 2:2384606/1‑150 (MQ=255) | AACAACACGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCGCCTGGTGTT > CP009273/769275‑769572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |