Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 861,926 | C→A | 10.2% | intergenic (‑106/‑98) | moeA ← / → iaaA | molybdopterin molybdenumtransferase; molybdopterin biosynthesis protein/Isoaspartyl peptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 861,926 | 0 | C | A | 10.2% | 1113.8 / 60.9 | 329 | intergenic (‑106/‑98) | moeA/iaaA | molybdopterin molybdenumtransferase; molybdopterin biosynthesis protein/Isoaspartyl peptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/171); new base A (18/16); total (142/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TTAAGCGCGGTGTCGAGCGACATCAATCCGGTGGTAAATTCCATGAAAACACTCCTGCGGAGGCAAAATCGAATTTGCCTATTATGTCAGAAAAACGCCACAGACTGTATGCCACCTCGGGCGTAGCGCTGGGTCCTGCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATACTATGGGCAAAGCAGTCATTGCAATTCATGGTGGCGCAGGTGCAATTAGCCGCG > CP009273/861777‑862075 | aaGCGCGGTGTCGAGCGACATCAATCCGGTGGTAAATTCCATGAAAACACTCCTGCGGAGGCAAAATCGAATTTGCCTATTATGTCAGAAAAACGCCACAGACTGTATGCCACCTCGGGCGTAGCGCTGGGTCCTGCCTTTACATGCCat > 1:1070248/1‑150 (MQ=255) aaGCGCGGTGTCGAGCGACATCAATCCGGTGGTAAATTCCATGAAAACACTCCTGCGGAGGCAAAATCGAATTTGCCTATTATGTCAGAAAAACGCCACAGACTGTATGCCACCTCGGGCGTAGCGCTGGGTCCTGCCTTTACATGCCat > 2:2761342/1‑150 (MQ=255) tgagcgGTTTCGAGCTAAATAAATCGTTTGGTAAATTCCATTAAAACACTCATGCGTAGGAAAAATCTAATTTGCATATTATTTCACAAAAACGCCACAGACTGTATGCCACCTCGGGCGTAGCGCTGGGTCCTGCCTTTACATGCCata < 1:4947937/147‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |