Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 102,736 | C→A | 100% | I315I (ATC→ATA) | ftsZ → | GTP‑binding tubulin‑like cell division protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 102,736 | 0 | C | A | 98.7% | 1003.9 / 2.2 | 313 | I315I (ATC→ATA) | ftsZ | GTP‑binding tubulin‑like cell division protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base A (183/126); total (185/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GGGCTTCGACCTGCGTCTGGATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATCGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTGACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATCGCTACCAGCAGCATGGGATGGCTCCGCTGACCCAGGAGCAGAAGCCGGTTGCTAAAGTCGTGAATGACAATGCGCCGCA > CP009273/102589‑102882 | gggCTTCGACCTGCGTCTGGATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAgg < 2:705771/150‑1 (MQ=255) gggCTTCGACCTGCGTCTGGATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAgg < 1:413394/150‑1 (MQ=255) tCGACCTGCGTCTGGATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATgg < 1:1267228/150‑1 (MQ=255) gACCTGCGTCTGGATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGAc < 2:497543/150‑1 (MQ=255) ccTGCGTCTGGATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACaa > 2:3314566/1‑150 (MQ=255) tGCGTCTGGATNAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAAc > 1:2763610/1‑150 (MQ=255) cTGGATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACTAAGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTTTAGGCATGGACAAACGTCCt < 2:1358000/150‑1 (MQ=255) ggATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGa > 1:4345112/1‑150 (MQ=255) ggATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGAAAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGa < 2:1407365/150‑1 (MQ=255) gATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGaa > 1:4742830/1‑150 (MQ=255) tGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAAt < 2:1609880/150‑1 (MQ=255) gAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATc < 1:1922819/150‑1 (MQ=255) aGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCa > 1:676453/1‑150 (MQ=255) aGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCa > 2:2737/1‑150 (MQ=255) aGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCa > 1:3608336/1‑150 (MQ=255) gAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTg > 2:4477762/1‑150 (MQ=255) cGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGtta < 1:792620/150‑3 (MQ=255) gtaggtaACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTAcc > 2:4780150/1‑150 (MQ=255) gtaggtaACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTAcc < 2:5151444/150‑1 (MQ=255) ggtaACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAAt > 2:4212320/1‑150 (MQ=255) gtaACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATa > 2:2139184/1‑150 (MQ=255) taACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATaa > 2:3828669/1‑150 (MQ=255) aaCACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAg < 2:178699/150‑1 (MQ=255) aaCACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAg < 1:3956934/150‑1 (MQ=255) aaCACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAg < 1:1142411/150‑1 (MQ=255) aaCACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAg > 1:3097262/1‑150 (MQ=255) cacCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCa > 2:3499942/1‑150 (MQ=255) acCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAg > 1:596650/1‑150 (MQ=255) acCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACCTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAg < 1:1524205/150‑1 (MQ=255) aTCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGtt < 1:1265015/150‑1 (MQ=255) gTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTcagc < 2:4318388/150‑1 (MQ=255) tGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTcagca > 2:129094/1‑150 (MQ=255) gCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTcagcag < 2:108480/150‑1 (MQ=255) aTTTGCATCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGAAAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTTGTGACCCATAAGAAGTATCAGCAGcc > 1:3427576/1‑150 (MQ=255) ttCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGAt < 1:2237717/150‑1 (MQ=255) tCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATg < 2:1827227/150‑1 (MQ=255) tCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATg > 1:2476536/1‑150 (MQ=255) cGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGa > 2:4219256/1‑150 (MQ=255) cGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGa < 1:54208/150‑1 (MQ=255) gACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGAt > 1:1057664/1‑150 (MQ=255) gACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGAt > 1:5165105/1‑150 (MQ=255) aCAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATc > 1:4427408/1‑150 (MQ=255) aCAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATc < 2:483473/150‑1 (MQ=255) 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tAACCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATCGCTACCAGCAGCATGGGATGGCTCCGCTGACCCAGGAGCAGAAGCCGGTTGCTAAAGTCg > 1:1886017/1‑150 (MQ=255) aaCCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATCGCTACCAGCAGCATGGGATGGCTCCGCTGACCCAGGAGCAGAAGCCGGTTGCTAAAGTCGt < 2:4905585/150‑1 (MQ=255) aCCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATCGCTACCAGCAGCATGGGATGGCTCCGCTGACCCAGGAGCAGAAGCCGGTTGCTAAAGTCGTg > 1:2374281/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATCGCTACCAGCAGCATGGGATGGCTCCGCTGACCCAGGAGCAGAAGCCGGTTGCTAAAGTCGTg < 1:427602/150‑1 (MQ=255) cGTTGTTGCGACAGGTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATCGCTACCAGCAGCATGGGATGGCTCCGCTGACCCAGGAGCAGAAGCCGGTTGCTAAAGTCGTGaa > 2:617775/1‑150 (MQ=255) 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gTATAGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATCGCTACCAGCAGCATGGGATGGCTCCGCTGACCCAGGAGCAGAAGCCGGTTGCTAAAGTCGTGAATGACAATGcgccgc > 2:4336818/1‑150 (MQ=255) tataGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTTACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATCGCTACCAGCAGCATGGGATGGCTCCGCTGACCCAGGAGCAGAAGCCGGTTGCTAAAGTCGTGAATGACAATGCGCCGCa < 2:792453/150‑1 (MQ=255) | GGGCTTCGACCTGCGTCTGGATGAGTTCGAAACGGTAGGTAACACCATCCGTGCATTTGCTTCCGACAACGCGACTGTGGTTATCGGTACTTCTCTTGACCCGGATATGAATGACGAGCTGCGCGTAACCGTTGTTGCGACAGGTATCGGCATGGACAAACGTCCTGAAATCACTCTGGTGACCAATAAGCAGGTTCAGCAGCCAGTGATGGATCGCTACCAGCAGCATGGGATGGCTCCGCTGACCCAGGAGCAGAAGCCGGTTGCTAAAGTCGTGAATGACAATGCGCCGCA > CP009273/102589‑102882 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |