Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,116,964 | A→G | 100% | intergenic (‑21/+53) | dinI ← / ← pyrC | DNA damage‑inducible protein I/dihydro‑orotase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,116,964 | 0 | A | G | 100.0% | 1279.1 / ‑6.7 | 328 | intergenic (‑21/+53) | dinI/pyrC | DNA damage‑inducible protein I/dihydro‑orotase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (144/181); minor base T (3/0); total (147/181) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
GTACCGATACGTGGCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTGTTGCTCT > CP009273/1116817‑1117110 | ccGATACGTGGCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGt < 1:2602631/150‑1 (MQ=255) aTACGTGGCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGttat < 1:2478263/150‑1 (MQ=255) aTACGTGGCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTGTTCGCGAATGTGACATCAATTCGCATAAAAACCCCCAGTTGAAAATGCTGGtttt > 1:4937750/1‑148 (MQ=255) aCGTGGCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGttattt < 1:163290/150‑1 (MQ=255) cGTGGCCTTCATTATCAGGACACGCATACTGAATACGGCGTGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGttattta < 2:2547604/150‑1 (MQ=255) cGTGGCCTTCATTATCAGGAAACGCAGACTGACTACGGCGGGAAAGGTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGttattta < 2:450246/150‑1 (MQ=255) gTGGCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGttatttat < 2:4098338/150‑1 (MQ=255) gTGGCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGttatttat < 1:1085487/150‑1 (MQ=255) tGGCCTTCATTATCAGGAATCGCCGCCTGCAGACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTtata < 2:202105/150‑1 (MQ=255) ggCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATAc > 2:2745766/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATAc < 1:4318921/150‑1 (MQ=255) ggCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATAc < 2:2148280/150‑1 (MQ=255) ggCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATAc > 2:5104225/1‑150 (MQ=255) cATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTaa > 2:1263837/1‑150 (MQ=255) cATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTaa < 1:3209216/150‑1 (MQ=255) cATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTaa < 2:353609/150‑1 (MQ=255) tATCAGGACACGCCGACTGACTACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAAGTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTaaact < 2:1963734/150‑3 (MQ=255) gAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTa > 2:3229619/1‑150 (MQ=255) 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tACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGacaac < 1:3046399/150‑1 (MQ=255) aCTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGacaaca > 2:4719960/1‑150 (MQ=255) cTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAg > 1:4137686/1‑150 (MQ=255) gAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGa > 1:2205728/1‑150 (MQ=255) cggcggGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTa < 2:622142/150‑1 (MQ=255) cggcggGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTa < 1:1349501/150‑1 (MQ=255) ggcggGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTAc > 1:2866959/1‑150 (MQ=255) gggAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGAt < 2:3719695/150‑1 (MQ=255) ggAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGAtt < 2:2255665/150‑1 (MQ=255) gAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGAttt < 2:2306551/150‑1 (MQ=255) gAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGAttt < 1:1843701/150‑1 (MQ=255) gTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTAt < 2:1695729/150‑1 (MQ=255) gccagccaGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGATAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGtt > 2:4948868/1‑150 (MQ=255) gccagccaGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGATAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGtt < 1:225219/150‑1 (MQ=255) ccagccagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGttt < 2:1356823/150‑1 (MQ=255) ccagccagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGttt < 2:5246853/150‑1 (MQ=255) agccagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTaa > 2:3686443/1‑150 (MQ=255) agccagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTaa > 2:4664498/1‑150 (MQ=255) gccagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAAc < 2:3972656/150‑1 (MQ=255) ccagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTTGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACg < 1:1276841/150‑1 (MQ=255) ccagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACg < 2:1730507/150‑1 (MQ=255) ccagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACg < 1:3407219/150‑1 (MQ=255) cagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACgg > 2:4599199/1‑150 (MQ=255) aaTAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTAAATTCGCATAATATCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAAAGGACCAGCGTa > 1:2912822/1‑150 (MQ=255) tAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTAcc < 1:4831617/150‑1 (MQ=255) 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gagaAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAAt < 2:1528652/150‑1 (MQ=255) gagaAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAAt < 1:2292285/150‑1 (MQ=255) agaAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATg < 1:4531938/150‑1 (MQ=255) gaAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATgg < 2:1115813/150‑1 (MQ=255) aaGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGNCGAGGAATGGc < 1:2759950/150‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtca < 2:5222082/150‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtca > 2:4293543/1‑150 (MQ=255) ggTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcat > 1:964520/1‑150 (MQ=255) gTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcatc < 2:3908348/150‑1 (MQ=255) tGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcatca > 2:3149152/1‑150 (MQ=255) 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aTTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGc > 2:3120774/1‑150 (MQ=255) ttCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCg < 1:781205/150‑1 (MQ=255) cGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGAt < 2:399865/150‑1 (MQ=255) cGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGAt > 1:406760/1‑150 (MQ=255) ataataGCCCCCTGTTGAATATGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCt > 1:1048734/1‑150 (MQ=255) 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atatGCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTGTTGctc > 2:2915905/1‑150 (MQ=255) tatgCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTGTTGctct < 2:2501382/150‑1 (MQ=255) | GTACCGATACGTGGCCTTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTGTTGCTCT > CP009273/1116817‑1117110 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |