| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,118,591 | C→A | 66.2% | G47C (GGT→TGT) | yceB ← | lipoprotein, DUF1439 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,118,591 | 0 | C | A | 66.2% | 188.2 / 287.1 | 275 | G47C (GGT→TGT) | yceB | lipoprotein, DUF1439 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/54); new base A (82/99); total (121/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CAGTTTCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGATATCTTTTGAGAAATTATTATGTTTCGCAAGCGACTGGTTAATTTCTTGTTCGGTGATGGTGTATTGGGTGAGTTGATTACAGCCAACGAGCAGGCCACTGACGATCAATGCAGCGGCAAATAAAAACTTGTTCATGGTAGTCCTC > CP009273/1118442‑1118739 | tttCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACTGGGAGTTCTTGTCCAGATTGGCGTCTCCGTTTTGGGTAACCTTATTCGGCTATTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCTGAAAAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACCGat < 1:1770314/150‑1 (MQ=255) tttCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACCGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACAGat < 1:3068978/150‑1 (MQ=255) tttCATGGTCGCTTTCTGACTACCGAACAGGGAGTTCATGTCCAGATTGGCGTCTCCGGTTAGGGTAACCTTATTCGGCTCTTCGCGACCAATTTGGCTGGTCAGGTTTGTCAGAACAATATGGGCGTCAGCCACGCCGGGTAAACAGat < 2:2871118/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |