| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,207,417 | C→A | 28.7% | G15C (GGT→TGT) | iraM ← | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,207,417 | 0 | C | A | 28.7% | 739.1 / 253.6 | 372 | G15C (GGT→TGT) | iraM | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (137/128); new base A (52/54); total (189/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
GATGTGATAAATAGTAATAGGATATTCTTTATCCTTAAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAA > CP009273/1207268‑1207566 | gATGTGATAAATAGTAATAGGATATTCTTTATCCTTAAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATAcc > 2:580410/1‑150 (MQ=255) gtgATAAATAGTAATAGGATATTCTTTATCCTTAAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACcaca < 1:3473086/150‑1 (MQ=255) gtgATAAATAGTAATAGGATATTCTTTATCCTTAAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACcaca > 1:887952/1‑150 (MQ=255) 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tataCCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAaattaa < 1:4527457/150‑1 (MQ=255) ataCCACATGTAGGTTGAATTAGCGTGTCAATTACTATCCACGTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTAATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAaattaat < 2:1091836/150‑1 (MQ=255) | GATGTGATAAATAGTAATAGGATATTCTTTATCCTTAAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAA > CP009273/1207268‑1207566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |