| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,211,169 | C→A | 100% | intergenic (‑238/‑76) | bluF ← / → ycgZ | anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,211,169 | 0 | C | A | 99.4% | 1150.0 / ‑2.9 | 347 | intergenic (‑238/‑76) | bluF/ycgZ | anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base A (176/168); minor base G (1/1); total (178/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
TCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCA > CP009273/1211022‑1211315 | tCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATg < 1:5215720/150‑1 (MQ=255)tCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATg > 2:4231692/1‑150 (MQ=255) cTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGt > 2:1690626/1‑150 (MQ=255) tttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTa < 1:5284481/150‑1 (MQ=255) ttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTac < 2:1041809/150‑1 (MQ=255) cATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTAcaca > 2:3801875/1‑150 (MQ=255) aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACat < 2:2290544/150‑1 (MQ=255) ttGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACata < 1:414462/150‑1 (MQ=255) tGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACatat < 1:4492848/150‑1 (MQ=255) tGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACatat < 2:1514839/150‑1 (MQ=255) gATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATAtt > 2:4464799/1‑150 (MQ=255) gATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATAtt < 2:394967/150‑1 (MQ=255) gATAAAAAATGGAAAAAGTAGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATAtt < 2:3419875/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |