Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,276,971 | T→A | 5.1% | L551H (CTC→CAC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,276,971 | 0 | T | A | 5.1% | 800.3 / 5.1 | 279 | L551H (CTC→CAC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (123/130); new base A (22/2); total (147/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
AGCTTATACCCCGGCCTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGGCGCACTATGTAGGTCAGGAAAAACTGCGTCCGCAAACCGGCTGGCAGCCGCTGGCGTTTGCCCTTGACTGGCA > CP009273/1276822‑1277118 | cTTATACCCCGGCCTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATTACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATTTTTATAGTCGGTGCGGGGCGGAACCACAGGTTTAACCACg > 1:1586499/1‑150 (MQ=255) tataCCCCGGCCTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGat < 1:1074901/150‑1 (MQ=255) ataCCCCGGCCTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGata < 2:4927102/150‑1 (MQ=255) ataCCCCGGCCTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCACGata < 2:760312/150‑1 (MQ=255) ccccGGCCTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGa < 2:608934/150‑1 (MQ=255) cccGGCCTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGaa < 2:4762266/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAAc > 2:2707049/1‑150 (MQ=255) cGGCCTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACt < 1:90955/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATc < 2:2239611/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATc > 2:2602169/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATc < 2:3299925/150‑1 (MQ=255) tGGGCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATAGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAAAGCACGGTCGTTAGATGATTATAGTGGGTGCGGGGCGGTACCACAGGTATAAACACGATATTAACAATAGt > 1:4720083/1‑150 (MQ=255) gggCCGAGCAGATTACCGGCGTTTCTCGCAGCCAGATTATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACGATCGTg > 2:553097/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |