| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,282,421 | A→T | 16.8% | intergenic (+439/+101) | narI → / ← rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,282,421 | 0 | A | T | 16.8% | 314.9 / 12.3 | 147 | intergenic (+439/+101) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/77); new base T (12/11); total (54/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.49e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG > CP009273/1282277‑1282568 | ccTTCCCCGTTTGGGCAGATTTATTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGTAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTc < 2:1590775/150‑1 (MQ=14)ccTTCCCCGCTTTGGCATACTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTc < 2:4711630/150‑1 (MQ=255)ccTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCGATCTCGCGGACGCTc > 2:1724564/1‑150 (MQ=255) cTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCGGCAACGCTCTCACGCTGAcgcgcg > 1:224368/1‑150 (MQ=255) tCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCCACGCTCTCTCGCTGGCGCTCgcg > 2:4234661/1‑148 (MQ=255) ccccGGTCGGGCAGACTATTTGATAGCGGATTCGTTTGAGTATTCCGGGGATTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGc < 2:204471/150‑1 (MQ=14) cccGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGcc < 1:1563159/150‑1 (MQ=255) tGGGCAGATTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGTATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCt < 1:1146242/150‑1 (MQ=255) 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cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGACGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATcc > 2:1737651/1‑150 (MQ=255) ggATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCGGCAACGCACTCACGCAGACGCACGAGCCGAAACTTAGTAGAAGCAtcaaatact > 2:3830498/1‑143 (MQ=14) gATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCAGCGCGCTTCGCCCTGCGGGTCGTTGCCTGCGGCAAACCACTCGCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTGAGTCGGAGCTTCTGATCCtt > 2:3351481/1‑150 (MQ=14) aTTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTc < 1:1737615/150‑1 (MQ=12) ttCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTcc < 1:2323660/150‑1 (MQ=255) 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cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAgg < 2:3759267/150‑1 (MQ=255) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCACTCTAGCTGACGCTCGAGCCCACCCTTAGTCGAATCTTATCATCCAAACCCGCAAGGGCAGAAAATTTTATATAGGATTCGCATGAGAGTTAATGGAAATTAGAAAGTGATGGTTGTTGGGGACgg > 2:739846/1‑150 (MQ=9) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAAACCACTAACCCTGAAGCACCAGCCGAACCATAGTCGAAGCATATCAAACATCCCCCCCAGGGCCGCAAAATTGATTGCGGGATCGCGTGAGAGTTAAAGGAATTTTGTTAATGATTGTGGTTGGGGGAgg > 2:3198504/1‑150 (MQ=255) ggTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAt < 1:816832/150‑1 (MQ=255) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTTATTTCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACGTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTa > 1:3677537/1‑150 (MQ=255) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTCATTGCGGATTCGGTTGAGAGTTCAGGGACTTGTGAAAGTGATGGGGGTGGGGGAAGGATTa > 2:3952372/1‑150 (MQ=255) cGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGAGGATTCGGTGGGGAGTTCAGGGACATGTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTag > 2:3031373/1‑149 (MQ=11) ttGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTc > 1:4765058/1‑150 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCa < 2:224368/150‑1 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACATATGGCAGTGGGGGTGGTGGGGGACGGATTGCTCa > 2:2715983/1‑150 (MQ=17) gCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGAGTGGGAGTTAAGGGACGTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACACAg > 2:5085557/1‑150 (MQ=14) aaCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTGGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGTGAAGGGTTACTCGGCGCTgcgcg > 2:206740/1‑150 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGTGAGTTCAGGGACTTTTGTAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCt > 1:1208918/1‑150 (MQ=255) gCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCtt > 2:4161278/1‑150 (MQ=255) ctctctCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc > 1:691792/1‑150 (MQ=255) ctctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAAGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGTGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGAGCTGCGCGCTTCGc > 1:1388447/1‑150 (MQ=255) tcGCTGTCGCTCGAGCCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt < 2:4225069/150‑1 (MQ=255) | CCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG > CP009273/1282277‑1282568 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |