Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,288,739 | 0 | C | A | 7.3% | 1195.7 / 37.1 | 327 | intergenic (‑361/‑244) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (148/154); new base A (10/15); total (158/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
CTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCTTATAACAAGCGAGGCAGTTGTAATGATAGCTCAGAAGGATTATGCAAGGCTTCGTAAGGGAGAACGCATA > CP009273/1288590‑1288888 | aTTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTcc < 2:4753524/150‑1 (MQ=255) aTTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTcc > 2:3051201/1‑150 (MQ=255) ttCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGAACTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGTATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATATcca < 2:3973527/150‑2 (MQ=255) 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tctcCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCTTATAACAAGCGAGGCAGTTGTAATGATAGCTCAGAAGGATTATGCAAGGCTTCGTAAGGGAGAACGCat > 1:5051851/1‑150 (MQ=255) tctcCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCTTATAACAAGCGAGGCAGTTGTAATGATAGCTCAGAAGGATTATGCAAGGCTTCGTAAGGGAGAACGCat > 1:4164928/1‑150 (MQ=255) | CTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCTTATAACAAGCGAGGCAGTTGTAATGATAGCTCAGAAGGATTATGCAAGGCTTCGTAAGGGAGAACGCATA > CP009273/1288590‑1288888 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |