Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,289,975 | G→T | 10.2% | pseudogene (474/567 nt) | insZ ← | pseudogene, transposase homolog |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,289,975 | 0 | G | T | 10.2% | 932.3 / 53.4 | 283 | pseudogene (474/567 nt) | insZ | pseudogene, transposase homolog |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (125/129); new base T (14/15); total (139/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.55e-01 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGT > CP009273/1289826‑1290124 | tATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATg > 1:1242866/1‑150 (MQ=255) ggAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAac < 1:3509294/150‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTGTTGTTCTGAacac > 2:3929275/1‑150 (MQ=255) aaaGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATTAAcacc < 1:2201098/150‑1 (MQ=255) ttGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACtt < 2:539262/150‑1 (MQ=255) tGCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCACAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACtta > 1:4203568/1‑149 (MQ=255) gCTTTGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATTAACACCACGTcc > 1:1860934/1‑150 (MQ=255) tttGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCag > 2:1242179/1‑150 (MQ=255) tGGGTAAACAAAAAATACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCagag < 2:835919/150‑1 (MQ=255) aaaaaTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAg > 1:656330/1‑150 (MQ=255) aaaaaTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAg < 1:2672626/150‑1 (MQ=255) aaaaTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGa > 1:223929/1‑150 (MQ=255) aaTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATg > 1:4434710/1‑150 (MQ=255) aTACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCTACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGc > 2:4465803/1‑150 (MQ=255) tACGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCt < 2:4934899/150‑1 (MQ=255) aCGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTc < 2:2697373/150‑1 (MQ=255) cGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTcc > 2:4731518/1‑150 (MQ=255) cGGCCCCAGAAGGGCAATGCCGTTCACTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGAGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTcc < 2:312857/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |